大豆TPS基因家族全基因组鉴定、分类与表达分析-论文.pdf

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1、中国油料作物学报2014，36(2)：160—167ChineseJournalofOilCropSciencesdoi：10．7505／j．issn．1007—9084．2014．02．004大豆TPS基因家族全基因组鉴定、分类与表达分析谢翎，汪章勋，黄勃(1．安庆师范学院生命科学学院，安徽安庆，246011；2．安徽农业大学微生物防治省重点实验室，安徽合肥，230036)摘要：利用大豆基因组数据库，通过生物信息学分析，鉴定并获得大豆TPS家族基因所有成员的全序列、基因结构和定位信息。利用序列比对对大豆TPS家族基因进行进化和分类分析，同时通过soybase大豆发育表达芯片数据

2、库相关信息，对该家族基因成员的组织表达谱进行了检测。研究结果表明，大豆基因组中含有20个TPS家族基因成员。系统发育分析将这些TPS基因分成了两个亚家族。基因定位分析表明，这些成员基因分别分布于大豆的14条染色体上。启动子分析表明，全部大豆TPS家族基因的启动子区都含有逆境反应顺式作用元件。转录水平芯片数据分析同时显示，大豆TPS家族基因大多在花、根、根瘤等组织中存在优势表达。该研究结果将促进大豆TPS家族基因的功能研究与利用。关键词：大豆；TPS家族基因；全基因组鉴定；进化分析；差异表达中图分类号：$565．103文献标识码：A文章编号：1007—9084(2014)02—01

3、60—08Genome——wideidentificationclassificationandexpressionofTPSfamilygenesinsoybeanXIELing，WANGZhang—xun，HUANGBo(1．SchoolofLifeSciences，AnqingTeache~College，Anqing246011，China；2．AnhuiProvincialKeyLaboratoryforMicrobialPestControl，AnhuiAgriculturalUniversity，Hefei230036，China)Abstract：Basedons

4、oybeangenomedatabase，soybeanZfamilygeneswereidentifiedandtheirsequences，structuresandchromosomelocationweredeterminedbybioinformaticmethod．TPSproteinswereclassifiedaccord-ingtotheirstructureandphylogenyrelationship．TheRNA—sequencingdataofTPsfamilygenesfromthesoybasedatabasewasusedtoanalyzethe

5、expressionpatternofthesegenesindifferenttissuesandtreatments．Theresultsshowedthatatotalof20TPSgeneslocatedon14chromosomesrespectively．couldbesystematicallyidentifiedfromsoybeangenomeandclassifiedintotwoclasses．Andallofthemhadstressrelatedcis—actingelementsintheirpro—rooterregions．Transcriptio

6、nanalysisrevealedthattherewaspredominantexpressionofmostsoybeanTPsfamilygenesinflower．rootandnodule．TheseresultswillfacilitatefunctionalanalysisandutilizationofTPSgenesinsoy—bean．Keywords：Glycinemax；familygenes；Genome—wideidentification；Phylogeneticanalysis；Differentialexpression海藻糖作为一种还原性二糖，

7、结构稳定，可以帮酸葡萄糖与UDP一葡萄糖形成6一磷酸海藻糖；随助生物细胞在极端条件下维持核酸、蛋白以及生物后6一磷酸海藻糖磷酸化酶(Trehalose一6一phos—膜的活性，并保护细胞结构⋯。在已知的所有能合phatephosphatase，TPP)催化6一磷酸葡萄糖形成终成海藻糖的生物体中，都存在着海藻糖TPS—TPP产物海藻糖。在高等植物的海藻糖合成过程中，目合成路径。该路径中6一磷酸海藻糖合成酶(Treha．前只发现了TPS—TPP合成路径。1ose一6一phosphat