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时间:2020-04-04
《进化树分析软件MEGA的用法.doc》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在学术论文-天天文库。
1、1.将clustal排好的序列转成MEGA格式2.打开MEGA格式的文件,点PHYLOGENY,要建BOOTSTRAP检验的树,如下图。有四种建树方法,NJ,MP,ME,andUPGMA。后面以NJ为例。3。点击NJ后如下图。点击绿色方格可以改变BOOTSTRAP中重复的次数(>100),GAP是pairwise还是completedeletion (一般选PAIRWISE),适合你数据的替换模型(有MODELTEST可以检验)。(一定要根据自己的数据来设这些值)4。一切就绪后,点击COMPUTE。结果如下,红圈中的数字就是boot
2、strap值,一般大于70%的枝认为比较有意义.5。如果有外类群,你可以直接点击你的外类群,得到有根树6。基本过程就是这样,MEGA还有其他一些功能,希望大家继续补充。
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