DFTB+用户手册中文版.pdf

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1、DFTB+用户手册DFTB+可以读取XML或人性化结构化数据格式（HSD）两种格式。如果您不熟悉HSD格式，请参见附录A中的详细说明。DFTB+的输入文件必须命名为dftb_in.hsd或dftb_in.xml。输入文件必须存在于工作目录中。为了防止歧义，如果两个文件都存在，解析器拒绝读取任何输入。处理输入后，DFTB+将创建一个解析输入的文件dftb_pin.hsd或dftb_pin.xml。这包含用户输入以及未指定选项的任何默认值。该文件还包含当前输入解析器的版本号。您应该始终保留此文件，因为如果要使用更高版本的DFTB+完全重复计算，建议使用此文件而不是原始输入。（你当然必须重命名

2、dftb_pin.hsd转换为dftb_in.hsd或dftb_pin.xml到dftb_in.xml中。）这样可以获得相同的结果，即使某些非指定选项的默认值已更改。如果需要，代码也可以从dftb_in.hsd生成dftb_pin.xml，反之亦然（见第2.6节）。以下部分列出了可以在DFTB+输入中设置的属性和选项。每个选项表的第一列指定属性的名称。第二列表示该属性的期望值的类型。字母“l”，“i”，“r”，“s”，“p”，“m”分别表示逻辑，整数，实数，字符串，属性列表和方法类型。一个可选的前缀号码指定这种类型必须发生的频率（如果多于一次）。附加的“+”表示大于零的任意出现，而“*”

3、也允许零出现。替代类型由“

4、”分隔。圆括号仅用于界定设置组。有时，只有满足某些条件时才解释属性。如果是这种情况，则在第三列中指示适当的条件。第四列包含属性的默认值。如果没有指定默认值（“-”），则用户需要为该属性指定一个值。属性的描述紧跟在表之后。如果对其他地方的给定关键字还有更详细的描述，则在最后一列中出现适当的页码。一些属性允许携带修改器以改变所提供的值（例如，在单位之间转换）。可能的修改在属性的详细描述中的括号（[]）之间列出。如果修改器是物理单元的转换因子，则只指示单元类型（长度，能量，力，时间等）。允许的物理单位的列表可以在附录B中找到。DFTB+的输入文件（dftb_in.x

5、ml/dftb_in.hsd）必须包含以下属性定义：此外，可能存在可选的定义:Geometry:指定要计算的系统的几何属性。参见p6Hamiltonian:配置哈密尔顿算及其选项。参见p13Driver：为您的系统指定几何驱动程序。参见p7Options:运行的各种全局选项。参见p32ParserOptions:影响解析器的各种选项。参见p342.2几何属性几何属性可以通过传递适当的属性列表或通过使用GenFormat方法直接指定。2.2.1显式几何属性规范如果显式指定几何，可以设置以下属性：Periodic:如果设定为“yes”系统在所有三个维度上都是周期性的或者被视为群集，Latti

6、cVectors的几何属性也必须被指定。LatticeVectors:[长度]系统的三个晶格向量的x，y和z分量是周期性的TypeName:具有显示在几何属性中的元素名称的字符串列表。TypeAndCoordinates:对于每个原子，其类型在TypeName列表中的索引及其坐标,如果对于周期性系统（periodic=yes），相关修改器被指定，坐标将在格子向量的坐标系中被设定。示例：GaAs的几何属性：2.22GenFormat您可以使用通用格式指定几何属性（参见附录C）。GaAs的几何规格如下：它也可以包括gen格式的几何从文件：2.3Driver驱动程序负责在计算期间更改输入结构的

7、几何结构。目前有以下方法可用：{}使用输入几何属性的静态计算：SteepestDescent(最速下降){}:通过沿着作用力移动原子的几何优化。参见p8ConjugateGradient（共轭梯度法）{}:使用共轭梯度算法的几何属性优化。参见p9SecondDerivatives（二阶导数）{}:计算能量的二阶导数（黑森州）。参见p10VelocityVerlet{维尔莱速度算法}:用速度Verlet算法的分子动力学。参见p102.3.1最速下降法MovedAtoms:应移动的原子的数目。原子可以指定为原子列表，原子范围和/或原子种类的混合物。索引范围指定为start到end（不包含空格

8、作为一个字！），它包含起始和结束之间的所有原子MovedAtoms=1：6相当于MovedAtoms={1，2，3，4，5，6}负指数可用于从最后一个原子向后计数（-1=最后一个原子，-2=倒数第二个原子等）MovedAtoms=1：-1所有的原子都被包括元素名称可用于选择属于给定物种的所有原子MovedAtoms=Ga相当于所有的Ga原子都被选中各种表达方式可以组合在一起MovedAtoms=1:3Ga-2:-1#{1,2,3}以