高通量测序简介课件.ppt

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1、高通量测序技术2017年3月21号主要内容一、高通量测序简介二、Solexa和Semiconductor测序原理三、高通量测序部分应用高通量测序（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序（“Next-generation”sequencing），可一次性对几百万到十亿条DNA分子进行并行测序；可以对一个物种的基因组和转录组进行深入、细致和全貌的分析，所以又被称为深度测序（Deepsequencing）。一、高通量测序简介高通量测序的发展1992年LynxTherapeuticsMPSS2003年PolonySequencing(哈佛）2005

2、年454Pyrosequencing2006年SolexaSequencing-By-Synthesis2007年ABISOLID2008年HelicostSMSSequencing2009年IonTorrentSemiconductorSequencing2011年PicficBiosciencesSMRTSequencing高通量测序的主要代表平台有:罗氏的(Roche)的454测序仪（RocheGSFLXsequencer）;Illumina的Solexa基因组分析仪（IlluminaGenomeAnalyzer）;ABI的SOLiD测序仪（ABISOLiDsequ

3、encer）;ThermoFisher的离子半导体测序仪（IonSemiconductorsequencer).Illuminasolexa文库制备二、Solexa和Semiconductor测序原理Lane1Lane2Lane8...TileEachlanecontains2columnsEachcolumncontains60tilesEachtileisimaged4timespercycleFLOWCELL簇生成，模板变性OHOHflowcelldiolP7P5dioldiolTemplatehybridizationdioldiolInitialextensio

4、ndioldiolDenaturation桥式扩增dioldiol1stcycledenaturation1stcycleannealingdioldioln=301stcycleextensiondioldioldioldiol2ndcycledenaturation2ndcycleannealingdioldioldioldioldioldiol2ndcycleextensionclusters并行合成测序法(SBS,SEQUENCING-BY-SYNTHESIS)和可逆性末端终止技术（REVERSIBLETERMINATORCHEMISTRY）CAGTCATCACC

5、TAGCGTA5’GTCAGTCAGTCAGT3’5’FirstbaseincorporatedCycle1:AddsequencingreagentsDetectSignalCleaveTerminatorandDyeCycle2-n:Addsequencingreagentsandrepeat信号收集读取碱基序列在测序过程中，每种碱基被激发后都会发出特殊波长的荧光在每个循环过程中每一个簇只对应一张图像测序通量读长测序时长数据量2×150bp~29h100-200GB2×75bp18h50-80GB1×75bp11h25-30GB适用范围全基因组测序、全外显子测序、转录

6、组测序特点高通量、灵活性、简便NextSeq500测序通量读长测序时长数据量2×75bp~24h3.3-3.8GB2×150bp~24h4.5-5.1GB2×250bp~39h7.8-8.5GB2×300bp~55h13.2-15GB适用范围靶向测序、小基因组测序、靶向基因表达分析特点唯一一台在单次运行产生2x300bp双端reads的测序仪。MiSeqIllumina测序平台展示测序通量读长测序时长数据量2×150bp1-3.5d1300-1500GB1×75bp650-750GB1×50bp215-250GB适用范围全基因组测序、全外显子测序、转录组测序特点最高的通量

7、，每个样品的最低价格测序通量读长测序时长数据量2×150bp<3d单流动槽双流动槽8-9TB16-18TB适用范围全基因组测序特点超高的通量，有望突破人类全基因组测序的$1000大关Hiseq4000HiSeqXTenNovaSeq6000流动槽类型S1S2S3S4数据量a1×50bp167GB280-333GBN/AbN/Ab<19h1×75bp333GB560-667GBN/AbN/Ab<29h2×150bp500GB850-1000GB2000GB3000GB<40h适用范围全基因组测序、靶向重测序、转录组测序特点对几乎