富含半胱氨酸多肽序列和结构分析.doc

《富含半胱氨酸多肽序列和结构分析.doc》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在应用文档-天天文库。

1、富含半胱氨酸多肽序列和结构分析姓名学号组号日期年月日1)研究背景1)搜索网络资源和文献数据库，了解植物抗菌肽的种类和特点，其中富含半胱氨酸的抗菌肽的序列、结构和功能特点。2)搜索网络资源和文献数据库，了解蜘蛛毒素的种类和特点，其中富含半胱氨酸的蜘蛛毒素的序列、结构和功能特点。3)搜索网络资源和文献数据库，了解金属硫蛋白的种类和特点，说明半胱氨酸在金属硫蛋白中的作用。2)序列比对1)从PDB数据库下载虎纹捕鸟蛛毒素-I（Huwentoxin–I）1QK6和美洲商陆抗菌蛋白1DKC氨基酸序列，用needle程序进行序列比

2、对，将结果填入下表：SequenceLengthScore1QK6/1DKCIdentity(%)Similarity(%)Gap(%)2)从PDB数据库下载以下几种已知结构的多肽毒素的氨基酸序列，进行多序列比对；根据其结构特征，调整比对结果。CodeNameSourceActivity1AXHAtracotoxin-HVIFunnel-webspidertoxin1HWTHuwentoxin-IChinesebirdspidertoxin1AGGOmega-agatoxin-IvbFunnel-webspid

3、ertoxin1EITmu-agatoxin-IFunnel-webspidertoxin1VTXdelta-Atracotoxin-HVIFunnel-webspidertoxinInsecticidaltoxinNeuromusculartransmissionblockerP-typecalciumchannelantagonistDiverseionchannelspecificitySodiumchannelblocker1OMNOmega-conotoxin-MVIIcMagusconeP-typeca

4、lciumchannelantagonist1OMGOmega-conotoxin-MVIIaMagusconeP-typecalciumchannelantagonist1GURGurmarinGymnemasylvestreSweettasterepressor3)检索UniProt/Swiss-Prot数据库中以I型人金属硫蛋白（humanmetallothionein），进行多序列比对，并创建序列图标（SequenceLogo），说明其保守序列位点特征。3.结构分析1)用蛋白质结构图形显示软件Swiss-Pd

5、bViewer分析1QK6和1DKC结构：2)a)1QK6含个半胱氨酸，按方式配对形成三队二硫键；二硫键平均键长约为埃；三对二硫键连接的-碳（）间距离，最长为埃，最短为埃；b)选取两个分子中三对二硫键进行结构叠合（Fitmoleculesfromselection），均方根误差（RMSD）为埃；c)画图表示上述两个蛋白质分子折叠和二硫键形成的“三桥三叠”折叠方式。2)从PDB数据库分别下载人金属硫蛋白和结构域核磁共振结构1MHU和2MHU：a)人金属硫蛋白beta结构域含个半胱氨酸，个金属原子，每个金属原子和个半胱氨

6、酸螯合；b)人金属硫蛋白alpha结构域含个半胱氨酸，个金属原子，每个金属原子和个半胱氨酸螯合；c)绘图表示人金属硫蛋白beta和alpha结构域金属原子排列方式和原子间距离。3.根据上述两大类富含半胱氨酸的多肽分子分析结果，结合自己课题相关或你所熟悉的其它蛋白质分子，说明蛋白质分子序列、结构和功能多样性。