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时间：2021-12-21
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1、MakingTreeEasyJob常用的建树方法建树五步曲常用的软件AlarChung@2002.2.15如何检验你的树多学一点理论常用的建树方法常用的建树方法分为两大类，一类是基于距离的方法（distance-based)，这类方法的代表是邻接法(NJ)和UPGMA法；另一类是基于性状性质的方法(character-based)，这类方法的代表是最大简约法(MP)和极大似然法(ML)。距离法速度很快，能够分析大量的数据，但由于所有的数据均被抽象为距离，这过程中不可避免的产生了信息量的损失，从一定意义上来说
2、，得到的结果并不能反映真实的情况，但近年来距离法已经有了很大的改进，在大多数情况下它都能给出比较准确的结果，而且由于速度快，所以应用很广。性状法分析的对象是序列中的各个位点(site)，在分析过程中信息量没有损失，从这个意义上说它能比距离法得出更加真实的结果。但性状法的一个缺陷就是它的分析过程是建立在一个进化模型上的，这个模型的好坏，直接影响到所得结果的正确性。我们知道，生物的进化是一个极其复杂的过程，一个人为的模型很难能完全反映真实的进化过程。近年来各种模型不断出现，老的模型也不断发展，使的得到的结果能更
3、真实的反映进化关系。性状法较之距离法由于考虑的因素更多，处理的信息更大，所以在速度上也会更慢一些。MP，ML，NJ，哪种方法更好？这个不能一概而论。MP法在处理近缘物种时效果很好，但在处理分歧年代比较久远的物种时表现不太好，因为在序列中存在着许多回复突变，这种系统误差目前还没有太多的解决办法。ML法无论在处理分歧年代久远的物种还是近缘物种时表现都不错，但速度太慢，不容易对生成的结果进行检验。如果可能的话，尽量采用这种方法。NJ法在处理近缘关系物种时并不太适合，因为它们之间的差异比较小。在处理分歧年代久远的物
4、种间和进化很快且分子钟不恒定的物种间的关系时（如各种细菌），它的表现要比MP法好。而且由于速度快，能对生成的结果进行各种检验，增加结果的可靠性。Tips:一般来说，NJ法的结果会与ML法的结果更近一些！多学一些PhylogeneticTree的理论RYXZABCDE11117232nodebranchABCDE五个末端节点代表着这棵系统树的五个物种（taxa），XYZR这四个内部节点代表了祖先（ancestraltaxa)。当然这样的祖先很可能已经灭绝，是人为假设的。枝上标注的数字表示两个节点之间发生的变化
5、数目。这个数字可以代表枝长，但并不是所有的情况下都是这样。如果两个节点间的的距离（变换数）等于这两个节点间所有枝长的总和，则我们说这棵树具有可加性(additive)。并不是所有的树都具有可加性，如果在两个节点间的进化过程中，一些位点变化了两次又回到了
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