梨ty1-copia类反转录转座子gag开放阅读框预测和光响应下的表达分析

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1、园艺学报，2016，43(8)：1577–1584.ActaHorticulturaeSinicadoi：10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0078；http：//www.ahs.ac.cn1577梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析1,22131,*蒋爽，骆军，孙永旺，蔡丹英，滕元文12（浙江大学园艺系，农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室，杭州310058；上海市农业科学院林木3果树研究所，上海201403；浙江省农业科学院园艺研究所，杭州310021）摘要：基于生物信息学方法，对‘砀山酥梨’基因组

2、中Ty1-copia类型的GAG开放阅读框进行预测，共获得315条GAG序列。通过系统聚类，梨基因组中GAG序列可分为7个支系，第一和第三支系成员较多且保守性高。序列比对结果显示，不同支系GAG序列具有较高的异质性。在‘美人酥’梨的套袋和摘袋后的果皮中发现了34个gag成员，其中有6个（Ppgag16、Ppgag19、Ppgag23、Ppgag27、Ppgag29和Ppgag30）为高丰度表达成员。遮光条件下，‘美人酥’果皮中有部分gag成员发生表达，说明copia类反转座子不仅仅受光照影响发生表达。在摘袋后，‘美人酥’果皮中有2个成员（Ppgag5和Ppgag23）发生明显上

3、调表达，说明梨中部分反转录转座子的转录受到光照的调控。关键词：梨；Ty1-copia；GAG；表达分析中图分类号：S661.2文献标志码：A文章编号：0513-353X（2016）08-1577-08PredictionofORFforGAGofTy1-copiaRetrotransposonsinPearandItsExpressionAnalysisinResponsetoLight1,22131,*JIANGShuang，LUOJun，SUNYong-wang，CAIDan-ying，andTENGYuan-wen1（TheStateAgriculturalMinistr

4、yLaboratoryofHorticulturalPlantGrowth，Development&QualityImprovement，2DepartmentofHorticulture，ZhejiangUniversity，Hangzhou310058，China；ForestryandFruitTreeResearchInstitute，3ShanghaiAcademyofAgricultureSciences，Shanghai201403，China；InstituteofHorticulture，ZhejiangAcademyofAgriculturalScience

5、s，Hangzhou310021，China）Abstract：DifferenttypesofsequencesofORFforGAGinthewholegenomeof‘DangshanSuli’（PyruspyrifoliaWhitePearGroup）werepredictedbybioinformaticsmethods.Atotalof315GAGsequenceswereobtainedfromTy1-copiaretrotransposons.Theclusteranalysisindicatedthatthereweresevengroups，amongwhi

6、ch，groupsoneandthreehadmanyconservedmembers.SequencealignmentofallGAGsequencesinpeargenomeshowedahighheterogeneity.Atotalof34memberswereexpressedinbaggingandbag-removed‘Meirensu’pearfruit，ofwhich，sixmembers（Ppgag16，Ppgag19，Ppgag23，Ppgag27，Ppgag29，andPpgag30）werehighlyexpressed.Inbagging-trea

7、tedfruit，somemembersofgagwereexpressed，suggestingthatlightwasnotasolefactortoactivatetheexpressionofcopiaretrotransposons.Inbag-removedfruit，theexpressionoftwomembers（Ppgag5andPpgag23）were收稿日期：2016–03–31；修回日期：2016–08–02基金项目：浙江省重点科技创新团队项目（2013TD05）*