初发鼻咽癌与复发鼻咽癌差异表达基因的研究

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1、初发鼻咽癌与复发鼻咽癌差异表达基因的研究【关键词】复发；鼻咽肿瘤；基因芯片；基因表达　　Abstract:Objective:Tostudythedifferentiallyexpressedgenesbeta(rNPC)andprimarynasopharyngealcarcinoma（pNPC）bytheangenomegenechips.Methods:pNPCtissuesamplesandrNPCtissuesamplesetrixGene1.0STchipsple.Thedifferentiallyexpressedgenesinedat

2、ics.Results:Atotalof46genesionbinding，proteinbinding，adjustmentofenzymeactivitygenesandsoon.Conclusion:ThedifferentiallyexpressedgenesexistbetayplayanimportantroleinthemechanismofoccurrenceanddevelopmentofrNPC.　　Keya；genechips；geneexprssion　　鼻咽癌是头颈部常见的鳞状细胞癌之一。它具有明显的区域分布特征：在亚洲人中

3、常见，特别是中国南方和东南亚地区（患病率：15～50/100000）[1]。目前，鼻咽癌的发生机制尚未明确。它的发病可能与环境因素、饮食，特别是EB病毒感染等因素有关[1-2]。近些年研究发现，大量的细胞增生功能通路在鼻咽癌中上调，比如Akt通路、有丝分裂原激活通路、etrixFluidicsStation450，AffymetrixGenechipHybridizationOven640，GCOS1.2均为美国affymetrix公司产品。　　1.3组织标本　　本研究组织标本取自温州医学院附属第一医院耳鼻喉科，初发鼻咽癌组织8份，复发鼻咽癌组织6份

4、，病理诊断均为鳞状细胞癌。标本取材后立即置液氮中保存。　　1.4总RNA的提取　　先用匀浆器将组织彻底打碎，采用Trizol一步法提取总RNA。采用分光光度计分析RNA浓度和纯度，-80℃保存备用。　　1.5探针标记　　两轮的cDNA链合成后，纯化cDNA后，将单链DNA片段化，然后进行标记。并检测标记效率。　　1.6杂交　　使用全人类基因组AffymetrixGene1.0ST芯片，在1.5mL离心管中准备杂交液220μL，后混匀、离心。使用前室温平衡Gene1.0芯片，加200μL杂交液，AffymetrixGenechipHybridizati

5、onOven640杂交。　　1.7洗涤，扫描　　SAPE染色液和抗体溶液各600μL，AffymetrixFluidicsStation450洗涤。　　1.8荧光扫描与结果分析　　GenearrayScan-ner3000进行扫描，对芯片图像进行分析，图像信号转化为数字信号，并对芯片上的数据方法进行归一。然后使用数据处理软件GCOS1.2进行数据分析。　　1.9差异表达基因的选择　　复发鼻咽癌和初发鼻咽癌两张杂交膜中相同点的信号强度进行比较后得出该基因的信号比值，这一比值>2的为差异表达基因。　　3讨论　　目前肿瘤复发的机制尚未明确，据推测它可

6、能涉及抑癌基因、癌基因、转移相关基因、生长因子及其受体、黏附分子及细胞外基质、肿瘤血管及机体免疫等多个环节。鼻咽癌与其他头颈部鳞状细胞癌的不同之处是它的肿瘤复发发生较晚[9]，其复发的分子机制也可能涉及以上几个方面。基因芯片又称cDNA微阵列技术，它含有大量已知的固定载体上的DNA片段序列，形成DNA微矩阵。将样品RNA通过体外逆转录、扩增后加入标记分子后，并与位于微阵列载体上的已知序列杂交，通过激光共聚焦检测系统对芯片扫描，检测杂交信号，计算机对数据进行综合分析后，即可获得样品中大量基因序列特征或基因表达特征信息。　　目前，基因芯片已应用于鼻咽癌的

7、相关基因筛选。它可以从整体基因组水平研究鼻咽癌中的基因改变，可能为了解鼻咽癌的发病机制提供大量信息。韩慧霞等[10]用基因表达谱芯片研究不同鼻咽组织间的存在大量差异表达基因，从而筛选出DBCCR1，GG2-1，SCC-S2，AZGP1等可能与鼻咽癌相关的基因。Liu等[11]类似的研究发现127差异表达基因，并筛选出E2F6，CTPS，SPAN-1，DSG3等基因。Sriuranpong等[12]应用基因芯片和激光捕获显微切割技术发现鼻咽癌组织和正常鼻咽上皮之间的存在650个差异表达基因。本研究应用AffymetrixGene1.0ST芯片建立初发鼻

8、咽和复发鼻咽的表达谱，通过两者之间比较，发现46个差异基因在复发鼻咽癌组织中表达。通过GO分类和Pathin