资源描述：
《dna分子标记在苔藓系统发育研究应用中的初步探讨》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、目前常用苔藓系统发育树重建方法和软件的讨论摘要：DNA序列分析技术是近年来兴起的研究植物系统发生的常用方法，由于其快速、高效、准确等优点，因而近年来在苔藓植物系统发育与进化研究中应用的越来越广泛。利用特定DNA序列构建系统进化树，对植物的进化和分类研究有极大的帮助。本文就关于苔藓常用系统发育树构建过程、软件（PHYLIP、MEGA、MrBayes）及其方法（距离法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法）做一比较和讨论。关键词：苔藓植物；DNA条形码；系统发育树苔藓植物是现存最古老的陆生植物,由苔纲、角苔纲、藓纲组成。它们是种类数量仅次于被子植物的陆生植物,遍布地球上各大洲,包括南极[1]。苔藓植
2、物无论是形态还是生活史均明显不同于被子植物:苔藓植物配子体世代占优势,而孢子体世代寄生在配子体上。此外,苔藓植物具有重要的生态学意义。然而,苔藓植物的研究落后于其他陆生植物类群。一部分原因是由于这一小型植物类群的识别非常困难,而分类学家又非常缺乏。隐存种的发现、识别及形成机制是分类学研究的一个难点。虽然同工酶、RFLP、RAPD、核基因以及叶绿体DNA片段等分子手段被相继用于研究苔藓植物的隐存种形成机制,但是目前已报道的相关种类不过是冰山一角。近年,DNA条形码技术受到了各国科学家的高度重视,已应用于分类学、分子系统学、种群遗传学的研究,并将促进对苔藓植物的深入研究。DNA条形码是利用一个或
3、几个标准的DNA片段实现对物种快速、准确的鉴定,还是一种有效识别隐存种的方法。一个理想的DNA条形码,必须在不同研究类群中具有通用性、适当的序列长度、直接测序即可获得高质量的序列、有良好的物种分辨能力等特性。自2005年开展植物DNA条形码研究以来,共有9个DNA片段即:ITS(Kressetal.,2005)、rbcL(Newmasteretal.,2006;Kress&Erickson,2007)、trnLintron(Taberletetal.,2007)、trnH-psbA(Kressetal.,2005;Chaseetal.,2007;Kress&Erickson,2007)、ma
4、tK(Chaseetal.,2007;Pennisi,2007)、atpF-atpH、psbK-psbI(Pennisi,2007)、rpoC1(Chaseetal.,2007)、rpoB(Chaseetal.,2007),以及5个不同的片段组合(Pennisi,2007)被提议为陆生植物候选DNA条形码。然而,对于植物类群来说,目前还没有找到一个理想的DNA条形码。分子系统发育分析是指在分子水平研究物种之间的进化关系，它直接利用从核酸序列或蛋白质分子提取的信息，作为物种的特征，通过比较生物分子序列之间的关系，构建系统发育树，进而阐明各个物种之间的进化关系。系统发育树的构建方法有很多种，最基
5、本的一类是基于距离的构建方法，利用所有物种或分类单元的进化距离，依据一定的原则及算法构建系统发育树。这类方法有非加权组对算术平均法(UPGMA)、邻接(NJ)法、FM法、最小进化(ME)法等[2]。苔藓系统发育重建方法的探讨1.苔藓材料2.DNA提取方法由于色素的存在，以及多年保存的DNA样本会使DNA降解，使苔藓植物基因组DNA提取成为制约苔藓分子生物学研究的难题之一。目前对苔藓DNA常用的提取方法有CTAB、试剂盒、SDS法和快速提取法这4种方法来提取保存多年的苔藓标本干样的基因组DNA。田晔林等人的研究结果表明[3]，改良CTAB法是适于提取苔藓干样基因组DNA的最佳方法，提取的基因组
6、DNA总量较多且杂质较少。改良的CTAB法：a．取800此CTAB缓冲液B放入1．5mL离心管，将离心管放入水浴锅65℃预热；b．取30mg的苔藓叶子和少量灭菌石英砂放入已预冷的研钵，冲入液氮充分研磨，将磨好的样快速转移到预热的离心管中，及时漩涡混匀后放回水浴锅，65℃温育1～2h，并每隔10min轻轻摇匀一次；C．取出离心管冷至室温，加入700此的24：1，轻摇混匀10min后，4℃、10000r／min离心15min；d．吸取上清至新离心管重复c步骤2～3次直至无蛋白层出现；e．取上清，加600此冰冻异丙醇轻轻摇匀，于室温沉淀DNA40rain左右然后置于冷冻离心机4℃、8000r／mi
7、n离心8min：f.小心倒去上清，用70％乙醇洗涤管壁l～2次，4000r／min离心2min：g．将最后所得DNA沉淀室温风干，检测完后于一20℃冰箱中保存。3.序列比对序列比对提供一种衡量核酸或蛋白质序列之间相关性的度量方法。将两条或多条序列写成两行或多行，使尽可能多的相同字符出现在同一列中，将不同序列中的每一位点进行逐一比对，构建一个打分矩阵来表示序列间的相似性或同源性。DNA序列在进化中由于替换、插入
