常见系统发育软件使用

《常见系统发育软件使用》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。

1、常见系统发育软件使用方法XieLeiBJFU1PaupMP流程：Mac准备nex文件（interleave和noninterleave均可）—>存入新建文件夹—>拖入paup或用paup扌丁开一>execute—>logfile—>cstatus—>tstatusfhsearch—>defineoutgroup—>roottrees—>savetrees—>describetrees—>contree（savetofile）—>savepicWbootstrap（savetreefile）—>printbootstraptree—>savepict.—>stoplog.PC版

2、操作，可将附录批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。2PaupML流程：Mac准备nex文件（interleave和noninterleave均可）—>存入新建文件夹—>拖入paup或用paup打开—>execute—>从modeltest软件中打开paupblock运算检测模型—牛成scorefile—►打开modeltest中的bin读取score数据—生成结果文档t存档并打开此文档tAICt将beginpaup的运算模块贴至原ncx数据文件后而—重新将其拖入paup运彳亍一>选择ML运算模式—>hsearch^打印树图—savepict.—>boots

3、trap.PC版操作，可将附录5批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。3Garli运算ML流程:准备nex文件（interleave）—>存入新建文件夹t►拖入paup或用paup打开—►execute—输出noninterleave文档（若直接是noninterleave上述过程省略，又如果是PC机paup,无菜单操作，可在paup命令行中输入附录1*的命令回车即可生成noninterleave数据）。使用noninterleave文档（数据中类群名称不得有单引号，空格，所有方括号中内容删除）一>新建文件夹存入一>按照流程2进行modeltest—>在苹果

4、机上打开Garlic导入数据一►把model定好—＞run（切记此处不要激bootstrap选项）将上次运算数据拷贝至一新建文件夹导入苹果版Garlic激活bootstrap选项-定好model^mn所有结果用paup软件打开—＞savepict—＞打开bootstrap树一＞做50%majorityrulecontree—＞savepict.注：Garli苹果和PC版都有，但是操作不同。数据格式：和算PAUP—样的nexus格式，但是这个格式有很多注意事项，一些常见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题：1一定要noninterleave的数据，否则软件无法运算2[[

5、虽然在mrbayes和paup中不成问题但是在garli中有影响，里面内容在算之前全部删除为好。3taxon名称中可以有下划线但是不得有空格，逗号句点等，否则无法运行。Mac版GUI的菜单界面，只要有上述止确的nexus格式的数据文件即可运算。PC版Nexformatplusacommandfile每次使用时拷贝一个软件的文件夹，将此文件夹重新命名（尽量清塑易查询）。将正确的数据文件拷贝到此文件夹下（与garli运行程序在同一目录下）。编辑命令文档（名称是garli）,进行参数设置。完成后双击garli运行程序图标即可运算。4Bayes流程Nonintcrlcavc文件一＞贴

6、运算程序到文件后而（见附录）—*将其拷贝至MrBaycs文件夹下-打开运行程序-execute文件名.扩展名-运算结束后用paup运行源文件一＞从丄文件中取树—＞burnin^做50%majorityrulecontree—savepict.5r8s流程按照流程2进行modeltest-＞按照流程2进行ML运算-＞运算结束printtree^检查这棵带枝长的树是否有分支长度为0的分支t如果有在restore和deletetaxa中将这些类群去除一＞存储带枝长的树到filc（ncx格式）—将树的taxa名称更换为实际类群名称-将树文件贴至运算模版（见附录）-首先进行第一步cro

7、ssvalidates得到smooth值一＞替换smooth值再算一遍即可。注：r8s:该软件与BEAST不同，是对已存在的树进行操作，校订分子钟。算法为PL法。先选择模型算出一个ML树（要带枝长），注意如果要用这个树算要保证该树各个分支清晰，有较高的分辨率，没有0枝长分枝和polytomyo在这个树的tre的nexus文件上面编辑各种命令，然后输入r8s进行运算。一定要固定root,ingroup最好有一个以上的constraints.运算两次，第一次为cross-validation得出smooth