常见系统发育软件使用.doc

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1、常见系统发育软件使用方法XieLeiBJFU1PaupMP流程:Mac准备nex文件(interleave和noninterleave均可)→存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→logfile→cstatus→tstatus→hsearch→defineoutgroup→roottrees→savetrees→describetrees→contree(savetofile)→savepict→bootstrap(savetreefile)→printbootstraptre

2、e→savepict.→stoplog.PC版操作，可将附录批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。2PaupML流程：Mac准备nex文件(interleave和noninterleave均可)→存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→从modeltest软件中打开paupblock运算检测模型→生成scorefile→打开modeltest中的bin读取score数据→生成结果文档→存档并打开此文档→AIC→将beginpaup的运算模块贴至原nex数据文件后

3、面→重新将其拖入paup运行→选择ML运算模式→hsearch→打印树图→savepict.→bootstrap.PC版操作，可将附录5批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。3Garli运算ML流程：准备nex文件(interleave)→存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→输出noninterleave文档（若直接是noninterleave上述过程省略，又如果是PC机paup，无菜单操作，可在paup命令行中输入附录1*的命令回车即可生成noninter

4、leave数据）。使用noninterleave文档（数据中类群名称不得有单引号，空格，所有方括号中内容删除）→新建文件夹存入→按照流程2进行modeltest→在苹果机上打开Garli→导入数据→把model定好→run(切记此处不要激bootstrap选项)将上次运算数据拷贝至一新建文件夹→导入苹果版Garli→激活bootstrap选项→定好model→run所有结果用paup软件打开→savepict→打开bootstrap树→做50%majorityrulecontree→savepict.

5、注：Garli苹果和PC版都有，但是操作不同。数据格式：和算PAUP一样的nexus格式，但是这个格式有很多注意事项，一些常见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题：1一定要noninterleave的数据，否则软件无法运算2[]虽然在mrbayes和paup中不成问题但是在garli中有影响，里面内容在算之前全部删除为好。3taxon名称中可以有下划线但是不得有空格，逗号句点等，否则无法运行。Mac版GUI的菜单界面，只要有上述正确的nexus格式的数据文件即可运算。PC版Nexformatp

6、lusacommandfile每次使用时拷贝一个软件的文件夹，将此文件夹重新命名（尽量清楚易查询）。将正确的数据文件拷贝到此文件夹下（与garli运行程序在同一目录下）。编辑命令文档（名称是garli），进行参数设置。完成后双击garli运行程序图标即可运算。4Bayes流程Noninterleave文件→贴运算程序到文件后面（见附录）→将其拷贝至MrBayes文件夹下→打开运行程序→execute文件名.扩展名→运算结束后用paup运行源文件→从.t文件中取树→burnin→做50%majority

7、rulecontree→savepict.5r8s流程按照流程2进行modeltest→按照流程2进行ML运算→运算结束printtree→检查这棵带枝长的树是否有分支长度为0的分支→如果有在restore和deletetaxa中将这些类群去除→存储带枝长的树到file(nex格式)→将树的taxa名称更换为实际类群名称→将树文件贴至运算模版（见附录）→首先进行第一步crossvalidate→得到smooth值→替换smooth值再算一遍即可。注：r8s:该软件与BEAST不同，是对已存在的树进行操

8、作，校订分子钟。算法为PL法。先选择模型算出一个ML树（要带枝长），注意如果要用这个树算r8s要保证该树各个分支清晰，有较高的分辨率，没有0枝长分枝和polytomy。在这个树的tre的nexus文件上面编辑各种命令，然后输入r8s进行运算。一定要固定root，ingroup最好有一个以上的constraints.运算两次，第一次为cross-validation得出smoothvalue，第二次再设置这个值算出最终结果。6BEAST流程Noninter