捷蜥蜴线粒体基因组及有鳞目系统发育研究

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1、捷蜥蜴线粒体基因组及有鳞目系统发育研究专业名称：生物化学与分子生物学申请人：陶春荣指导教师：秦新民教授论文答辩委员会拂遗遮委员：雨荻-1飘殇。j—I、吣／VC／^、、盏鱼聋刻聋壅前男’IIIIIIIIIII)HI)1)))b1))lHlll))lI捷蜥蜴线粒体基因组及有鳞目系统发育研究Y2585078研究生：陶春荣年级：2011级导师：秦新民教授学科专业：生物化学与分子生物学研究方向：分子系统学摘要捷蜥蜴(Lacertaagilis)隶属于爬行纲(Reptilia)、有鳞目(Squamata)、蜥蜴科(Lacertidae)动物，广泛分布在欧、亚、非洲，国内主要分

2、布于新疆。该物种已经被收录到《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》。本文利用PCR和长片段PCR方法对捷蜥蜴线粒体基因组全序列及其核基因c．mos序列进行了扩增和测序。从GenBank中下载39个有鳞目物种的线粒体16SrRNA和核基因c．mos序列，以奥利诺科鳄(Crocodylusintermedius)和非洲侏儒鳄(伪据D肠em螂tetraspis)为外群，以16SrRNA基因序列及16SrRNA+c-mos基因联合序列为分子标记，并且运用软件MrBayes3．0b4和PAUP4．0分别使用贝叶斯推断法和最大似然法构建了有鳞目的B

3、I(BayesianInference，BI)和ML(MaximumLikelihood，ML)系统发育树。所得主要内容和结论如下：1．捷蜥蜴线粒体基因组全长17，090bp，包括13个编码蛋白基因(ATP6，ATP8，COI—III，NDl．6，ND4L，Cytb)、22个tRNA基因、2个核糖体rRNA基因(16SrRNA和12SrRNA基因)以及1个主要的非编码控制区(D．Loop控制区)。另外，其轻链复制起始点fOL)可形成茎环(stem．100p)结构。每个基因都没有出现基因重排的现象，而且它们在位置上、顺序上和方向上都与大多数报道过的有鳞目的多数物种相

4、同。捷蜥蜴线粒体基因组碱基组成具有明显的A+T偏向性，总A+T含量所占百分比为60．3％，明显比G+C含量高。另外，捷蜥蜴线粒体基因组碱基表现出负GC偏斜值(。0．330)及正AT偏斜值(0．038)。2。捷蜥蜴线粒体基因组13个蛋白质编码基因中，NDl以ATT为起始密码子，COI、COII、ND63个基因以GTG为起始密码子，其余都以ATG为起始密码子。NDl、ATP8、ND4L、ND5、ND6、C灿6个基因以完全的吖蚺行使终止密码子功能，COI和ND2则分别以AGG和TAG为终止密码子，ATP6以不完全的TA作为终止密码子，COII、COrn、ND3、ND44

5、个基因的终止密码子为不完全T。3．捷蜥蜴线粒体基因组的22个tRNA基因中，除tRNAs叮(AGY)缺失T臂，其余21个tRNA基因的二级结构均呈典型的三叶草结构。4．捷蜥蜴的非编码D．100p区域位于tRNA．Pro基因和tRNA．Phe基因之间，长度是1,688bv，A+T含量为65．9％，高于捷蜥蜴线粒体基因组全序列A+T含量的平均水平。在捷蜥蜴的非编码区存在一些特殊序列：5’端有3个终止相关序列：TASl：5t．ACATn汀CCⅡ订T．3’，TAS2：5’．ACATAATACATA．3’，TAS3：5’．ACATAAlTACAl队．3’，3’端也有3个的保

6、守序列：CSB．1：5’．ATTGTCTTAATGCTTGGTAGAC触渔．3’，CSB．2：：5’．CAAACCCCCCTACCCCC-3’，CSB-3：5’-TCGCCAACCCCTAAACGA．3’。5．基于39个物种(不包括外群)16SrRNA基因和16SrRNA+c．mos基因两个数据集分别构建了有鳞目的BI和ML系统发育树。结果表明：得到的4棵系统发育树拓扑结构基本一致，6个亚目都表现出良好的单系性，鬣蜥亚目与蛇蜥亚目形成姐妹支后，与壁虎亚目聚为一支：然后与蛇亚目相聚；接着再与蚓蜥亚目和蜥蜴亚目相聚。6个亚目的系统发育关系为：(((((鬣蜥亚目+蛇蜥亚

7、目)+壁虎亚目)+蛇亚目)+蚓蜥亚目)+蜥蜴亚目)。除了短头蚓蜥科外，其余各科在4棵系统发育树中均表现为单系性，与形态分类结果相符。关键词：捷蜥蜴；有鳞目；线粒体基因组；核基因；分子系统学IITheCompleteMitogenomeofLacertaagilisandthePhylogeneticAnalysisofSquamataMasterCandidate：TaoChun-RongMajor：BiochemistryandMolecularBiologyGrade：201Supervisor：Qinxin-MinResearchdirection：Mole

8、cular