线虫生防菌厚垣普可尼亚菌的基因组学研究

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1、万方数据密级：论文编号：中国农业科学院学位论文线虫生防菌厚垣普可尼亚菌的基因组学研究GenomicanalysisofthenematophagousfungusPochonia申请人：林润茂指导教师：谢丙炎研究员申请学位类别：农学硕士2014年10月究养专研培万方数据Secrecy：No．ChineseAcademyofAgriculturalSciencesDissertationGenomicanalysisofthenematophagousfungusPochoniachlamydosporiaM．S．Candidate：Run

2、maoLinSupervisor：BingyanXieProfessorMajor：PlantPathologySpecialty：MolecularPlantPathologyOctober2014叭眦7㈣gⅢ6一哪7㈣8眦7I㈣ZⅢY万方数据独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作

3、了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：林阀或时间：2Dl(

4、【年『2月D1日关于论文使用授权的声明本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，即：中国农业科学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。研究生签名：导师签名：妹访虱我时间：2Df午年J瑚Df日时间：如l￥年f上月D1日万方数据中国农业科学院研究生院同等学力申请硕士学位论文评阅人、答辩委员会名单表论文题目线虫生防菌厚垣普

5、可尼亚菌的基因组学研究研究方论文作者林润茂专业植物病理学分子植物病理向培养单位(研究所、中指导教师谢丙炎蔬菜花卉研究所心)硕(博)姓名职称单位专业签名导师硕导口＼＼评博导口硕导口＼＼阅博导口人＼＼硕导口博导口答辩硕导口中国科学院微生物研》扪／主刘杏忠研究员微生物f＼席博导团究所硕导口中国农业大学农学与知础孙文献教授植物病理学博导团生物技术学院硕导口北京师范大学生命科制答林魁教授微生物博导团学学院硕导口北京师范大学生命科7辩成新跃教授微生物l枘锄№博导囵学学院硕导口中国科学院微生物研．稠："委尹文兵研究员微生物博导团究所口硕导口。)9-4博

6、导口硕导口博导口茆振川会议记录(秘书)论文答辩时间地点2014年11月28曰上午，蔬菜花卉研究所综合楼212万方数据摘要植物寄生线虫对全世界农业生产的危害很严重，厚垣普可尼亚菌是目前公认的线虫生防菌之一，研究该菌跟其他盘菌亚门真菌的分化情况、与生存环境和寄主之间的协同关系、及其致病基因和致病机理有非常重要的意义。在生命科学的研究中，遗传学、生物化学、比较基因组学和生物信息学提供了很多方法和工具，而开展厚垣普可尼亚菌基因组学的研究可以充分利用这些工具，促进与厚垣普可尼亚菌相关的研究的发展。首先，通过测序和组装获取到厚垣普可尼亚菌的第一个完整

7、的线粒体基因组。其大小为25615bp，编码40个基因(15个开放阅读框(ORFs)：coxl一3、cob、atp6、atp8—9、nadl一6、nad4L、rps3；2个rRNA基因：rnl、rns；23个tRNA基因)。基于14个ORF的序列用最大似然法构建的系统发育树表明厚垣普可尼亚菌与金龟子绿僵菌的亲缘关系最近(bootstrap值100％支持)，它与昆虫寄生菌、植物病原菌有共同的祖先。在线粒体基因组DNA水平上，厚垣普可尼亚菌87．20％的序列与金龟子绿僵菌90．05％的序列相似，一共有10个区域相匹配；而其他真菌只匹配到厚垣普

8、可尼亚菌的小于或等于61．07％的序列。包括厚垣普可尼亚菌在内的麦角科真菌基因组的ORFs编码顺序是一样的，但是基因组之间的大小差异较大；本研究发现编码基因区、基因间区和内含子区是影响线粒体基因组大小的三个基本因素。对影响核糖体合成和DNA修复的rps基因，分析结果发现它是正向选择的，它有明显区别于线粒体基因组的进化特征。其次，本研究获取到组装质量较高、完整性较好的厚垣普可尼亚菌核基因组草图(全长约43．9Mb；scaffoldN50为4．IMb)。基因组的重复序列为5．24％，编码15009个ORF，其中70．7％的基因都有功能注释信息

9、。与昆虫寄生菌、捕食线虫真菌、植物病原菌的比较发现，厚垣普可尼亚菌与金龟子绿僵菌、球孢白僵菌共有的基因家族数目最多；在KOG功能簇的分布中，厚垣普可尼亚菌的基因数目介于植物病原菌和昆虫寄生菌的