小麦2a染色体农艺性状关联分析

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1、小麦2A染色体农艺性状的关联分析摘要小麦产量相关的农艺性状大多是由多基因控制的数量性状，对这些数量性状进行作图，不仅能了解这些数量性状的遗传规律，所定位的数量性状位点(QTL)也能作为基因克隆的基础和分子标记辅助选择的依据。本研究以108份小麦多样性群体为研究材料，通过遗传多样性分析和群体结构分析，明确这些材料之间的群体结构并鉴定产量性状相关的表型。同时，在前人的研究基础上，对2A染色体进行连锁不平衡(LD)分析，明确2A染色体上连锁不平衡的衰减距离。然后在考虑群体结构的基础上，进行2A染色体上标记和性状的关联分析，以求定位控制影响产量的相关性状的

2、位点，结果主要如下：1．采用40对EST．SSR引物和48对基因组SSR对108份小麦品种进行分析，共检测到总计826个等位位点，平均每个位点等位位点数为5．7361。发现基因组SSR标记的多态性明显高于EST-SSR。群体结构分析将108份小麦品种分成了9个亚群，发现单一来源的品种较少，大部分具有混合来源。群体结构分析和聚类分析在一定程度上具有一致性。2．确定了2A染色体上的连锁不平衡衰减距离的“基准线’’为r2=o．073。2A染色体上标记间连锁不平衡衰减距离为2．3cM，适合于做基因组上的关联分析，并且在染色体短臂和靠近着丝点附近发现存在两个

3、LDblock。3．通过TASSEL2．1软件中的mixedlinearmodel过程进行标记和性状的关联分析，发现了14个目标性状有显著关联的SSR位点，例如，其中gwm294对穗粒数有显著贡献，并且能在三个环境下都能检测到，同时也发现有部分SSR位点同多个性状相关，这些检测到的标记基本落在前人定位的QTL附近或者区间内。用于做关联分析的标记平均间隔为3．75cM，标记密度大大高于一般连锁分析。以上结果说明关联分析是一种有效的数量性状QTL定位方法，并且其分辨率要高于一般的连锁分析。关键词：小麦；连锁不平衡；数量性状；SSR；关联分析华中农业大学

4、2009届硕士学位论文Associationmappingofagronomictraitsonchromosome2AofwheatAbstractMostagronomictraitsrelatedtoyieldinwheatarequantitativetraits．Mappingthesetraitsnotonlytoresearchthegeneticlaw，alsocancontributetomarkerassistantselectionandgivethebaselineofgeneclone．Thematerialsofthis

5、studyare108wheatvarieties．Analysisofgeneticsdiversityandpopulationstructurewereconductedbyusingwheatlinesinordertoclarifypopulationstructureoftheselines，andinaddition，phenotypesrelatedtoyieldtraitswerecharacterizedforthesetofmaterials．Thelinkagedisequilibrium(LD)ofchromosome2A

6、Wascalculated．Attheend，associationtestbetweenSSRmarkerpolymorphismswithphenotypevariationwereperformedintoidentifylocithatareresponsibletophenotypevariationswithyield．Themajorresultsareasfollows．1．Totally108wheatlineswereassayedforgeneticdiversityat48SimpleSequenceRepeat(SSR)l

7、ociand40EST-SSRloci．Theresultsshowedthattotal826alleleswereidentified；theaverageofallelesperlocuswas5．7．Analysisofpopulationstructureassignedthe108linesinto9clusters．Mostofwheatlinesareofadmixturekinship，andtheresultofpopulationstructureanalysisWassimilartoclusteranalysis．2．Th

8、ebaselineofLDdecayisr2=0．073andLDextended2．3cMinchromosome2A．