基因组学、蛋白质组学和生物信息学

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1、第十二章基因组学、蛋白质组学和生物信息学一、基因组学二、蛋白质组学三、生物信息学1基因组学研究并解析生物体整个基因组的所有遗传信息。基因组（genome）是细胞或生物体的一套完整的单倍体遗传物质，是所有不同染色体上全部基因和基因间的DNA的总和。分为核基因组、核外基因组基因组学研究方法：SAGE、DNAchips等2人类基因组计划31940年代第一颗原子弹爆炸；1960年代人类首次登上月球；1990年代提出并基本完成的人类基因组计划（HumanGenomeProject，HGP）DNA双螺旋结构的发现者之一、美国国家卫生研究院（NIH）人类基因组研究所第一任

2、所长J.D.Watson1990年在《Science》上撰文指出，与人类登月计划相比，HGP的资金投入少，但它对人类生活的影响却可能更深远。1990年，美国发起，耗资30亿美元，历时15年，1999年，中国参与3号染色体上一小片段，占1％。20世纪人类科技发展史上的三大创举46人类基因组计划的目标：（1）确定人类基因组中约5万个编码基因的序列及其在基因组中的物理位置，研究基因的产物及其功能。（2）了解转录和剪接调控元件的结构与位置，从整个基因组结构的宏观水平上理解基因转录与转录后调节。（3）从整体上了解染色体结构，包括各种重复序列以及非转录“框架序列”的

3、大小和组织，了解各种不同序列在形成染色体结构、DNA复制、基因转录及表达调控中的影响与作用。（4）研究空间结构对基因调节的作用。有些基因的表达调控序列与被调节基因从直线距离上看，似乎相距甚远，但若从整个染色体的空间结构上看则恰恰处于最佳的调节位置，因此，有必要从三维空间的角度来研究真核基因的表达调控规律。7（5）发现与DNA复制、重组等有关的序列。DNA的忠实复制保障了遗传的稳定性，正常的重组提供了变异与进化的分子基础。局部DNA的推迟复制、异常重组等现象则导致疾病或者胚胎不能正常发育，因此，了解与人类DNA正常复制和重组有关的序列及其变化，将对研究人类基

4、因组的遗传与进化提供重要的结构上的依据。（6）研究DNA突变、重排和染色体断裂等，了解疾病的分子机制，包括遗传性疾病、易感性疾病、放射性疾病甚至感染性疾病引发的分子病理学改变及其进程，为这些疾病的诊断、预防和治疗提供理论依据。（7）确定人类基因组中转座子、逆转座子和病毒残余序列，研究其周围序列的性质。了解有关病毒基因组侵染人类基因组后的影响，可能指导人类有效地利用病毒载体进行基因治疗。（8）研究染色体和个体之间的多态性。这些知识可被广泛用于基因诊断、个体识别、亲子鉴定、组织配型、发育进化等许多医疗、司法和人类学的研究。此外，这些遗传信息还有助于研究人类历

5、史进程、人类在地球上的分布与迁移以及人类与其他物种之间的比较。8人类基因组研究内容包括遗传图（GeneticMap）绘制、物理图（PhysicalMap）构建、人类基因组的序列图测序、转录图（ExpressionProfiling）绘制和基因鉴定等方面的工作。通过多年来的发展，基因组学（genomics）作为一门专门学科，已应运而生。它涵盖以下几个方面：结构基因组学，着重遗传图、物理图、测序等研究；功能基因组学，在基因组水平上阐明DNA序列的功能；比较基因组学，包括对不同进化阶段生物基因组的比较研究，也包括不同人种、族群和群体基因组的比较研究。此外，工业基因

6、组学、环境基因组学、药物基因组学、疾病基因组学等分支学科也在不断发展。9基因组的序列主要可被分为三类：（一）通过比较确知其生理功能的；（二）在数据库中有相匹配的蛋白质序列，但并不知道其功能的；（三）在现有数据库中找不到任何相匹配的蛋白质序列的新基因。由于生物在进化上是相互关联的，对一种生物的研究可以为其它生物提供有价值的信息。比较基因组学的威力就在于它能根据对一种生物相关基因的认识来理解、诠释甚至克隆分离另一种生物的基因。远缘基因组间的比较为认识生物学机制的普遍性，寻找研究复杂生理和病理过程所需的实验模型提供了理论依据，而近缘基因组间的比较则为认识基因结构与

7、功能等细节提供了参数。因此，为充分理解人类基因组，必须对一系列近缘和远缘的模式生物进行基因组程度上的比较分析工作。10功能基因组学研究研究方法：1、定点破坏结构基因（geneknock-out）2、基因组内定位表达目的基因（geneknock-in）的方法来研究新基因的3、获得全长cDNA的技术（RACE）4、功能克隆法：分离纯化蛋白，测序后设计探针从文库中筛选基因5、定位克隆法：先利用连锁分析定位基因，再根据物理图谱找出相关的BAC克隆，进一步查看此克隆序列，计算机分析，定位合适的候选基因6、酵母双杂交1112遗传图也称连锁图，是指基因或DNA标志在染色体

8、上的相对位置与遗传距离，后者通常以基因或DNA片段在