CNV_复旦张锋

《CNV_复旦张锋》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、基因组拷贝数变异(CNV)——疾病遗传学研究的新方向张锋复旦大学生命科学学院二O一O年五月CNV(CopyNumberVariation)基因组片段的拷贝数变化正常人类基因组构成成分是当基因组片段出现缺失成对存在，即2份拷贝或重复时，导致CNV染色体成对等位基因成对缺失正常重复1或0拷贝2拷贝>2拷贝基因组分析技术的分辨率Gbanding[>4Mb]FISH[40to250Kbperclone]ChromosomeMicroarrayAnalysisDNAsequencing[1bp]CNV领域的奠基之

2、作《自然·遗传学》：《科学》：在人类基因组上发现的大尺度变异人类基因组上的大尺度拷贝数多态2004年同时发表于NatureGenetics和Science基因组拷贝数多态和结构多态Copynumbervariation(CNV):aDNAsegmentthatispresentatavariablecopynumberincomparisonwithareferencegenome,forexample,deletionandduplication.Structuralvariation(SV):inc

3、ludesCNVandotherbalancedvariationssuchasinversionandtranslocation.Zhangetal.(2009)Annu.Rev.GenomicsHum.Genet.CNV与人类疾病密切相关神经和精神免疫系统其他复杂罕见疾病系统疾病疾病疾病和遗传病老年痴呆艾滋病男性不育先天性心脏病帕金森氏症红斑狼疮高血压A型血友病智障鱼鳞癣肥胖地中海贫血癫痫克隆氏病骨质疏松脑白质营养不良自闭症银屑病胆囊纤维化多囊肾精神分裂胰腺炎各种癌症先天性畸形。。。。。。。。。。。

4、。CNV是一种重要的遗传致病因素每个人都有CNV—自然发生的基因敲除和增加突变率高—比SNP高100-1万倍致病性—CNV和疾病间大都为因果关系人类基因组CNV图谱（而非易感性）Conrad等,Nature2010CNV致病的机理模型TraitNAHRsubstrateNeuropathyCMT1AA)genedosageMentalretardationSMS-InfertilityAZFcB)geneinterruptionBleedingint22hint22hAnemiaa-globinC

5、)genefusionColorblindnessRCPBloodhypertensionCYP11B1D)positioneffectPtosisE)unmaskingrecessiveMR&DeafnessSMS-alleleorfunctionalorOvergrowthSos-REP&(mutationinpolymorphism**&BleedingPigmentationPWS-LupskiandStankiewicz(2005)PLoSGenetics全基因组规模的CNV分析平台aCGH(

6、arraycomparativegenomichybridization)-BAC-oligoSNParray-genotyping&Mendelianrules-hybridizationsignalintensitySequencingandcomparison(candetectinversion)-Paired-endsequencing-WholegenomesequencingCy5--Cy3Agilent44KArray(4x44KFormat)ANormalsample,ratio=2/

7、2=1,logratio=02AdeletionincludingPLP1,ratio=1/2,logratio=-12Recurrentdup(17)(p11.2p11.2),ratio=3/2=1.5logratio=0.62SNPgenotyping(abnormaltransmission)McCarrolletal.2006NatGentPaired-endsequencingKorbeletal.2007Science可用于CNV定点分析的技术QuantitativePCR-SYBRgree

8、n-TaqManMLPA(MultiplexLigation-dependentProbeAmplification)Accucopy。。。Gu,Zhang,andLupski(2008)PathoGeneticsNonAllelicHomologousRecombinationabInterchromosomalInterchromatidIntrachromatidRearrangements:del20outcome:deldupde