核酸与蛋白质序列分析(I)

《核酸与蛋白质序列分析(I)》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、主讲人:郑连友E-mail:lianyouzh@jlu.edu.cn吉林大学药学院基因工程教研室生物信息学7/24/20211生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析7/24/20212生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析第二节蛋白质序列分析一、蛋白质的基本结构和功能二、蛋白质的组成及基本性质分析三、蛋白质结构预测四、蛋白质特殊结构或结构特征的分析7/24/20213生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析一、蛋白质的基本结构和功能1、蛋白质的功能酶的催化作用物质运载和贮存作用营养存贮作用运动协调作用机械支持作用免疫保护作用信号接受与传导

2、作用生长和分化控制作用7/24/20214生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析2、氨基酸氨基酸（aminoacid）是蛋白质的基本结构单位NH2H—C—COOHR氨基酸通式7/24/20215生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析氨基酸名称英文缩写简写氨基酸名称英文缩写简写甘氨酸GlyG丝氨酸SerS丙氨酸AlaA苏氨酸ThrT缬氨酸ValV天冬酰胺AsnN异亮氨酸IleI谷酰胺GlnQ亮氨酸LeuL酪氨酸TyrY苯丙氨酸PheF组氨酸HisH脯氨酸ProP天冬氨酸AspD甲硫氨酸MetM谷氨酸GluE色氨酸TrpW赖氨酸LysK半胱氨酸CysC精氨酸Arg

3、R20种标准氨基酸的英文简写7/24/20216生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析对于20种标准的氨基酸，按照侧链化学性质不同，可以分为以下三组：极性氨基酸（容易与水分子形成氢键）Ser、Thr、Cys、Asn、Gln、His、Tyr、Trp带电氨基酸Arg、Lys（+）和Asp、Glu（-）疏水性的氨基酸Ala、Val、Leu、Ile、Phe、Pro和Met7/24/20217生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析甘氨酸（Gly）的侧链只有一个氢原子，是最简单的氨基酸，具有独特的性质，可以单作为第四类，也可以归于第一类。含有芳香性侧链Phe、Tyr、Trp、

4、His侧链为醇或酚的氨基酸有Ser、Thr、Tyr可以形成氢键Arg、Lys、Asp、Glu、Ser、Thr、Asn、Gln、His、Tyr及Trp7/24/20218生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析3、蛋白质的结构层次（1）蛋白质的一级结构（primarystructure）蛋白质的一级结构是指多肽链中氨基酸的序列7/24/20219生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析7/24/202110生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析肽键的形成7/24/202111生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析蛋白质一级结构还包括二硫键的位置7/24/202112生物

5、信息学指蛋白质多肽链本身的折叠和盘绕的方式。第六章、核酸和蛋白质序列分析二级结构主要有以下几种形式：（i）螺旋（ii）折叠–平行折叠反平行折叠（iii）-转角–连接作用（iv）无规卷曲-没有确定规律性的肽链构象，但仍然是紧密有序的稳定结构（v）无序结构（2）蛋白质的二级结构（secondarystructure)7/24/202113生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析蛋白质的螺旋结构7/24/202114生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析7/24/202115生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析蛋白质的折叠结构7/24/202116生物信息学第

6、六章、核酸和蛋白质序列分析平行β-折叠反平行β-折叠7/24/202117生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析（3）蛋白质的超二级结构是介于蛋白质二级结构和三级结构之间的空间结构,指相邻的二级结构单元组合在一起，彼此相互作用，排列形成规则的、在空间结构上能够辨认的二级结构组合体，并充当三级结构的构件（blockbuilding）。其基本形式有aa型、bb型和bab型等。（supersecondarystructure）7/24/202118生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析蛋白质超二级结构7/24/202119生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析（4）蛋白

7、质的三级结构（tertiarystructure）在二级结构基础上的肽链再折叠形成的构象。7/24/202120生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析（5）蛋白质的四级结构(quarternarystructure)具有二条或二条以上独立三级结构的多肽链组成的蛋白质，其多肽链间通过次级键相互组合而形成的空间结构称为蛋白质的四级结构。其中，每个具有独立三级结构的多肽链单位称为亚基(subunit)。7/24/202121生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析（6）蛋白质各级结构及功能的关系一级结构是决定高级结构-一级结构是高级结构的基础氨基酸序列决定蛋白质中任一氨基

8、酸相邻的氨