VectorNTI7.0中文使用说明书.doc

《VectorNTI7.0中文使用说明书.doc》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在应用文档-天天文库。

1、VectorNTI7.0User'sManual软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学），记住这个伟大的人物吧！前言（Introduction）1.程序附带的数据库（VectorNTIdatabase）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark。此外程序还提供数据库开发（DatabaseExplorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。2.创建新分子（有四种方法）A．用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTandFASTA、ASCII等格式输入DNA或氨基酸。B．手工粘帖，然后保存到数据库中C．从

2、其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键D．从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3.关于新分子的序列特征图谱：利用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTorFASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑第一章Chapter1Tutorial:DisplayWindows（显示窗口）目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作·1.登录VectorNTI安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点OK。这样DNAmolecules,proteins,enzymes,oligos,andgelm

3、arkers将组成NTI的数据库。并出现下列两个窗口。·2.观察出现的VectorNTI工作窗口和DatabaseExplorer窗口上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。第二个窗口为exlporing——localvectorNTIdatabase,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。3.CreateaDisplayWindowforpBR322激活exlporing——localvectorNTIdatabase窗口中的DNA/RNAMolecules(MAIN)数据库，找到

4、pBR322分子并双击打开。显示如下窗口：·4.观察pBR322显示窗口上面的窗口由文本区（对分子信息的文字描述，双击文件夹可以看到）、图形区（标住限制性内切酶位点等）和序列区（全序列及酶切位点）三个部分组成。·5.显示窗口的管理（通过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区的相对大小）·6.转换pBR322’s图形区：在工具栏左边的activepane右侧有三个按钮，用鼠标点当中那个（graphicspane）·7.对pBR322’s结构图进行操作：用户可以尝试点击、、，此时图形的大小会发生变化。选区设定：菜单Edit——>setselection,输入100b

5、p–1000bp,然后OK.可以看到选取在图形中用扇型框圈了起来.将鼠标移到选取的5’端,可以看到,通过拖拉可以延长或缩短选区范围,同样在3’端也能做到。如果用户一次只想移动一个碱基用直接拖拉就可能不方便，假如用户想在5’端移动一个碱基，首先将鼠标放到处，然后按住shift和键盘右侧的——>或<——箭头，则按一次箭头移动一个碱基距离。如果一次想移动10个碱基，则同时按住shift+ctrl+箭头。如果用户只是粗略选择，可以直接将鼠标移到图中，用十字花拖动。将鼠标移到图的TCr处，此时鼠标箭头变成，并显示TCr代表的含义，如果用户此时按下鼠标，则TCr的编码

6、区将被选中。·8.检查pBR322’snucleotide序列移动标尺，尽可能将更多的PBR322序列显示出来，并点击序列中任何一处。现在对序列显示的样式进行设定：点击（DisplaySetup）按钮，显示moleculardisplaysetup对话框：用户可以对序列的颜色、大小、10个一组显示还是15个一组（默认是10个碱基一组），结构图的颜色、限制酶切图谱（注意刚开始显示的PBR322上限制酶并不多）、ORF、Motif等进行设置。现在我们打算把序列字体的颜色由黑色变成绿色，显示全部PBR322的酶切图。操作如下：在刚才的窗口中点restrictio

7、nmap下面的RMapsetup按钮，在出现的对话框中点Add,再在出现的对话框中点selectall，然后OK。点sequence下面的sequencesetup,可以看到序列长度的设置等，在color栏中选green,一路点OK。此时显示如下：我们发现限制酶是大大的多了，不过美中不足的是序列显示的是两条链（正链和互补链），实际上一条链就够了，还有最好再和编码的氨基酸一切显示。这好办：先选中全序列（Ctrl-A），看到工具条中的（TranslateDirect）图标了没，点它。哈哈果然翻译成功了。不要忘了看左右两侧的图标哟，点点看。（注意用户在发表文章的

8、时候，一般在文章中发表自己克隆或表达的DNA序列，在DNA序列下面