实验五 系统发育分析.doc

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1、实验五系统发育分析%1.实验目的线粒体的D-loop是动物DNA序列发生突变最多的区域2—，因此常常用来比较近亲生物体。现代人的起源是一个争论激烈的话题，最近这个问题己经通过mtDNA序列被解决。人类mtDNA有限的遗传变异已经被术语:arecentcommongeneticancestry所解释，这暗示我们，所有的现代人类的mtbNA都来自于20刀年前居住在非洲的一个女性。木实验以原始人类的mtbNA序列为例，构建系统发育树。原始人类包括：大猩猩、黑猩猩、猩猩、人类。物种描述GenBank中的编号'German_Neander'AF011222';1Russi

2、an_Neanderthal1•AF254446';'European-Human'•X90314*;'Mountain_Gorilla_Rwanda*'AF089820';'Chimp_Troglodytes''AF176766';'PutLOrangutarf'AF451972';1Jari_Orangutarf•AF4519641;1Western—Lowland—Gorilla1加079510‘；1Eastern_Lowland—Gorilla*'AF050738';'Chimp__Schweinfurthii'FF17672R;,Chimp_Velle

3、rosus,•AF315498*;,Chimp_Verus,•AF176731';1.学习和掌握在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包有关函数，用基于距离的系统发育分析的UPGMA方法构建一个发育树。2.学习和掌握在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包有关函数，用基于距离的系统发育分析的邻近归并方法构建一个发育树3.学习和掌握在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包有关函数，比较不同发育树的拓扑结构。4.学习和掌握在MATLAB平台上应川Bioinformatics工具包有关函数，将发育树中感兴趣的物种进

4、行剪切，取出相应的物种名称，并恢复其拓扑结构。%1.实验内容GenBankAccession1.编稈提取上述12个物种的线粒体的D-loop序列。{1German_Neanderthal1•AF011222*;1Russian_Neanderthal1'AF254446*;"European-Human1'X90314';'Mountain_Gorilla_Rwandcf•AFO8982O';1Chimp_Troglodytes1,AF176766,;TutLOrangutarf•AF4519721;1Jari_Orangutan1■AF4519641;'Wes

5、tern_Lowland_Gorillcf'Ay079510‘；，Eastern_Lowland_Gorilla,'AF050738';'Chimp_Schweinfurthii''AF176722*;"Chimp-Vellerosus1•AF315498*;'Chimp-Verus1i'AF176731';l：length(data)｝；forind=%SpeciesDescriptiondata=primates(ind)・Header=datafind.l};primates(ind).Sequence=getgenbank(data{ind/2}/,se

6、quenceonly，/，true1);end2.用基于距离的系统发育分析的UPGMA方法构建一个发育树用Jukes-Cantor公式计算两两序列的距离，用UPGMA方法构建一个发育树。函数seqpdist将对数据集序列进行两两比对得岀距离。函数seqlinkage将根据序列的两两跖•离构建系统发冇树。distances=seqpdist(primates/MethodTJukes-Cantor1,Alpha'RNA1);UPGMAtree=seqlinkageCdistances/UPGAAA'.primates)%Phylogenetictreeobject

7、with12leaves(11branches)图示UPGMA发育树h=plot(UP&MAtree/or沱nF,'bottom');title(‘UPGMADistanceTreeofPrimatesusingJukes-Cantormodel');ylabel('Evolutionarydistance1)set(h.terminalNodeLabels/Rotation',-45)1.用基于距离的系统发育分析的邻近归并方法构建一个发冇树在分析两个物种的同源序列时，其发育树的拓扑结构是很重要的。函数seqneighjoin可以构建一棵邻近归并树。这棵树使用了

8、函数seqpdist计算