微生物课件之MEGA使用.ppt

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1、微生物分子进化及系统发育山西大学杨晓青进化的分子基础系统发育树MEGA介绍建树实例构建进化树的意义进化树：用来表示物种之间的进化关系，又称“系统树”、“系谱树”。根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。意义：研究从单细胞有机体到多细胞有机体的生物进化过程，而且可以粗略估计现存的各类种属生物的分歧时间。通过蛋白质的分子进化树分析，为从分子水平研究物种进化提供了新的手段，可以比较精确的确定某物种的进化地位。构建进化树的基本步骤：1、核酸序列的获取：数据库查询、测序2、序列比对：BLAST、Clust

2、alX、ClustalW2等。3、进化树分析：MEGA、PAUP4.0、Phylip、NETWORK4.11、SplitsTree4、TCS1.8等。参考序列选择注意事项：1、不选非培养(unclutured)微生物为参比；2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；在保证同属的前提下，优先选择16SrDNA全长测序或全基因组测序的种；每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。3、使用clustalx1.83进行序列比对MEGA简要介绍MEGA是有亚利桑那州立大学生命科学学院的SudhirKumar教授主持开发和维护的

3、一款免费的构建进化树软件。主要功能：序列比对、格式转换、数据修订、距离计算、系统树重建和可行度评估等全套功能，能对DNA、mRNA、氨基酸序列及遗传距离进行系统发生分析。MEGA5.1主界面ClustaX主界面核酸序列的获取保存文件并命名>XXXXAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGAATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCT

4、TCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGG>gi

5、289469964

6、gb

7、GU388381.1

8、AcinetobactertandoiistrainDSM1497016SribosomalRNAgene,partialsequenceACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGGATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGA

9、GCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGA……合并文件点击File/loadsequences，将整理好的*.txt序列文件导入clustalx1.83，如图接着点击Alignment/DoCompleteAligment程序自动运行，得出结果，自动输出*.aln和*.dnd为后缀的两个文件，并自动存入你*.txt文件所在的文件夹内。序列比对也可以直接用MEGA来做。4、运行程序MEGA5.0，如下图所示：点击：File导入Clustal程序得到的*.a

10、ln文件。再点File/ConverttoMEGAFormat，打开转换文件对话框，从目的文件夹中选中Clustal对比分析后所产生的*.aln文件，转换为*.meg文件。转换时一路确认相关界面。最后查看meg序列文件最后是否正常，命名新文件存盘保存*.meg文件，*.meg文件会和aln文件保存在上述*.txt同一个文件夹中。5、关闭转换窗口，回到主窗口，现在从File中打开刚才保存的*.meg文件。如果为核酸序列，选择“Nucleotidesequence”，点击“OK”，得到以下图示。选择默认的Standard，点击OK后，如图所示。点击程序中的，可以得

11、到下图在另外一个窗口内，出现以下数据文件点击选择和编辑数据分类图标，可对所选择的序列进行编辑，完成后点击close即可。序列编辑完成后，可进行保存，点击保存后出现以下界面，点击ok即可。常用的构树方法1、邻接法：是居于最小进化原理经常被使用的一种算法，它不检查素有可能的拓扑结构，同时给出拓扑结构和分支长度。可以通过确定距离最近的成对分类单位来使系统树的总距离达到最小。优点是重建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得一棵树，而缺点是在将序列上的所有位点等同对待，且所分析序列的进化距离不能太大。2、最大简约法：是居于形态特征分类的需要发展起来的，优点是该法无需引入

12、处理核苷酸或者氨基酸替代时所必须的假设