文献阅读报告课件.ppt

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1、计算机辅助药物设计与SYBYL软件的应用汇报人：刘培培2014.10——PPT总结汇报内容摘要SYBYL-X软件简介SYBYL_X软件的应用SYBYL_X中COMFA的步骤COMFA的结果展示2021/10/2321introductionSYBYLBase包括了用于分子模拟的丰富工具：结构搭建、优化、比较；结构及相关数据的图形显示；标注、图形输出；多种精确的力场。SYBYL基础软件包含分子建模的基础模块和工具，可以实现分子结构搭建、优化、比较，结构和相关数据的可视化，注释，硬拷贝，抓屏以及多种分子力场的研究。SYBYL基础软件与

2、SYBYL应用软件整合在一起，使其更加有利于用户的科研工作。SYBYL基础应用中的QSAR可以通过构建模型来预测位置化合物的活力2021/10/233QSARwithCoMFA®建立3D-QSAR模型(CoMFA)QSAR的工作原理QuantitiveStructureActivityRelationships建立生理活性与可计算的分子性质之间的关系以数值的方式描述活性以数值的方式来描述分子的性质合理的统计方法使活性与描述符相关重要的影响因素modelsmustbepredicitive-orthey’reuseless（可预测性

3、）modelsshouldbeinterpretable-wherepossible（可解释性）2021/10/234QSARwithCoMFA®建立3D-QSAR模型(CoMFA)CoMFA通过图形技术将结构与活性的关系展示出来–CoMFA自问世以来，由于其预测能力强，模型形象、直观，已逐渐成为应用最为广泛的3D-QSAR方法立体场绿色：增加体积会增强活性黄色：减少体积会增强活性静电场蓝色：增加正电荷能增强活性红色：增加负电荷能增强活性通过等势图，可以判断空间中哪些位置分子场的变化会与活性变化是相关的。活性2021/10/235

4、2021/10/236SD模型是一个图，每个节点代表角色，角色间的连接意味着为了达到某种目标，一个角色在某些方面需要依赖于另一个角色。SD模型表达了角色希望从其它角色那里得到什么，因此可被看成是一个相关性的网络DependerDependeedependum2021/10/237为了表明两个角色之间关系的自由性与控制性的本质，将相关性区分为4种类型：目标相关性（goaldependency）:thedependerdependsonthedependeetobringaboutacertainstateofaffairsinthe

5、world.任务相关性（taskdependency）:thedependerdependsonthedependeetocarryoutanactivity.资源相关性（resourcedependency）:thedependerdependsonthedependeefortheavailabilityofanentity(physicalorinformational).软目标相关性（softgoaldependency）:adependerdependsonthedependeetoperformsometaskthat

6、meetsasoftgoal.将相关性的强度划分为三种不同的程度：开放的（open/uncommitted）、受约束的（committed）和关键的（critical）2021/10/238SD模型关注于角色之间的关系，而SR模型为每个角色对它们有意识的关系进行推理提供建模支持SR模型是一个图，图中的节点代表目标、任务、资源和软目标，它们可以通过手段-目的链或任务分解链进行连接2021/10/2394Agents-in-the-WorldversusAgents-as-Softwarei*框架设计过程中的几个关键问题自治性（Aut

7、onomy）Agents-in-the-world:需要意识到它们周围的不确定性。同时，它们也是这个世界中不确定性的来源Agents-as-software:自治性是指在没有人或其它主体直接干涉的情况下，软件独立行动的能力意识（Intentionality）社会性（Sociality）身份与边界（IdentityandBoundary）战略反映（StrategicReflectivity）理性的利己主义（RationalSelf-interest）2021/10/2310i*框架设计过程中的几个关键问题自治性（Autonomy）意

8、识（Intentionality）Agents-in-the-world:为了说明现实世界的不确定性和开放性，诸如目标、信仰等意识相关的概念非常重要Agents-as-software:意识作为一种特性，可以用来产生agent的行为社会性（Soci