常见限制性内切酶识别序列

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1、常见限制性内切酶识别序列(酶切位点)（BamHI、EcoRI、HindIII、NdeI、XhoI等）Time：2009-10-22PM15:38　　Author:bioer　　Hits:7681times　在分子克隆实验中，限制性内切酶是必不可少的工具酶。无论是构建克隆载体还是表达载体，要根据载体选择合适的内切酶（当然，使用T载就不必考虑了）。先将引物设计好，然后添加酶切识别序列到引物5'端。常用的内切酶比如BamHI、EcoRI、HindIII、NdeI、XhoI等可能你都已经记住了它们的识别序列

2、，不过为了保险起见，还是得查证一下。下面是一些常用的II型内切酶的识别序列，仅供参考。先介绍一下什么是II型内切酶吧。TheTypeIIrestrictionsystemstypicallycontainindividualrestrictionenzymesandmodificationenzymesencodedbyseparategenes.TheTypeIIrestrictionenzymestypicallyrecognizespecificDNAsequencesandcleaveatc

3、onstantpositionsatorclosetothatsequencetoproduce5-phosphatesand3-hydroxyls.UsuallytheyrequireMg2+ionsasacofactor,althoughsomehavemoreexoticrequirements.Themethyltransferasesusuallyrecognizethesamesequencealthoughsomearemorepromiscuous.ThreetypesofDNAme

4、thyltransferaseshavebeenfoundaspartofTypeIIR-MsystemsformingeitherC5-methylcytosine,N4-methylcytosineorN6-methyladenine.酶类型识别序列ApaITypeIIrestrictionenzyme5'GGGCC^C3'BamHITypeIIrestrictionenzyme5'G^GATCC3'BglIITypeIIrestrictionenzyme5'A^GATCT3'EcoRIType

5、IIrestrictionenzyme5'G^AATTC3'HindIIITypeIIrestrictionenzyme5'A^AGCTT3'KpnITypeIIrestrictionenzyme5'GGTAC^C3'NcoITypeIIrestrictionenzyme5'C^CATGG3'NdeITypeIIrestrictionenzyme5'CA^TATG3'NheITypeIIrestrictionenzyme5'G^CTAGC3'NotITypeIIrestrictionenzyme5'

6、GC^GGCCGC3'SacITypeIIrestrictionenzyme5'GAGCT^C3'SalITypeIIrestrictionenzyme5'G^TCGAC3'SphITypeIIrestrictionenzyme5'GCATG^C3'XbaITypeIIrestrictionenzyme5'T^CTAGA3'XhoITypeIIrestrictionenzyme5'C^TCGAG3'要查找更多内切酶的识别序列，你还可以选择下面几种方法：1.查你所使用的内切酶的公司的目录或者网站；2.

7、用软件如：PrimerPremier5.0或Bioedit等，这些软件均提供了内切酶识别序列的信息；3.推荐到NEB的REBASE数据库去查（网址：http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html）当你设计好引物，添加上了内切酶识别序列，下一步或许是添加保护碱基了，可以参考：NEB公司网站提供的关于设计PCR引物保护碱基参考表下载（也可见图片）双酶切buffer的选择（MBI、罗氏、NEB、Promega、Takara）再给大家推荐一种新的不需要连接反应的分子克隆方法

8、，优点包括：①设计引物不必考虑选择什么酶切位点；②不必考虑保护碱基的问题；③不必每次都选择合适的酶来酶切质粒制备载体；④而且不需要DNA连接酶；⑤假阳性几率低（因为没有连接反应这一步，载体自连的问题没有了）。另外，还有一个经济问题：如果一次性制备一批载体（小提一次质粒约80μL），并将之线性化（可双酶切亦可单酶切），然后每次做分子克隆实验时用一点，大约可以做约40次转化，用一年没问题！