基因定向重测序能够有效筛查肿瘤样本

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1、基因定向重测序能够有效筛查肿瘤样本定向重测序可用于特定基因组区域的高效测序。现有的目标富集方法耗时、复杂，通常需要大量的起始DNA。转化和临床研究需要一些快速的方法，且兼容少量富有挑战性的研究样品，如福尔马林固定、石蜡包埋的组织（FFPE）。IonAmpliSeq™技术突破了多重PCR的已知障碍，推出了一个开创性的流程，能实现数百个已知突变的快速测序及低频率等位基因的检测。利用少量的起始DNA，这个一管式流程如建立PCR反应般简单，任何实验室技术人员均可操作。检测低频率突变的卓越覆盖度，以及Torrent软件包中的按键式

2、分析工具，让您能在一天内从提取的DNA到变异体检出。IonAmpliSeq™CancerPanel是一个仅供研究使用的产品，也是第一个依靠IonAmpliSeq™技术的产品–内容能够完全定制的IonAmpliSeq™CustomPanel即将上市。低的DNA起始量与单日的IonAmpliSeq™流程IonAmpliSeq™CancerPanel与临床和转化研究的需求相吻合。快速、DNA起始量低的步骤实现了FFPE样品的筛选，而这些样品无法用于其他的目标富集方法。同样，不到90分钟的测序运行时间和单日流程能够快速、平行评估

3、数百个关键突变。在一管式多重PCR反应中利用10ngDNA和IonAmpliSeq™CancerPrimerPool扩增目标。对扩增子进行纯化和磷酸化后，继之以标准的文库制备。这让您在3.5小时内从DNA到完整的文库产生，而手工操作不到10分钟。模板制备之后是完全自动化的IonOneTouch™系统。在IonPGM™系统上开展不到90分钟的测序运行后，结果即可用于分析。从DNA到变异体检出的整个IonAmpliSeq™流程仅需一天，且伴随着无人值守的测序和数据分析。Torrent软件包检出的变异体可通过标准的网页浏览器在

4、远程查看。IonAmpliSeq™CancerPanel带来的关键基因区域的完整覆盖有了IonAmpliSeq™CancerPanel，IonPGM™系统将肿瘤研究转化成一管式分析，让低频率突变能够准确经济地检测。IonAmpliSeq™CancerPanel覆盖了46个癌基因的相关区域。与杰出的肿瘤学家和癌症研究人员共同设计，单管的引物池实现了关键癌基因中所有目标突变的极佳覆盖，包括肿瘤抑制基因和癌基因。表1列出了IonAmpliSeq™CanerPanel的典型覆盖。表1.IonAmpliSeq™CanerPanel

5、的典型覆盖。低频率突变的高灵敏度检测从FFPE样品中提取出基因组DNA。用Qubit®荧光计和Qubit®dsDNAHSAssayKit定量提取出的DNA。随后利用IonAmpliSeq™CancerPanel和IonPGM™测序仪对样品进行测序。使用10ngFFPEDNA，根据IonAmpliSeq™文库制备的用户指南处理样品。制备模板后，在IonPGM™测序仪上利用Ion314™芯片对每个样品的扩增子文库进行测序。考虑到IonPGM™系统的准确性和IonAmpliSeq™技术的灵敏度，各种样品中通过IonAmpliS

6、eq™CancerPanel靶定扩增子的基线噪音水平非常低(表2）。这就为混杂群体中利用IonAmpliSeq™CancerPanel的低频率等位基因检测带来了高的置信度。图1显示了一个MET基因的扩增子，第61位的等位基因突变频率为5.32%。这凸显了IonPGM™系统及IonAmpliSeq™CancerPanel的灵敏度和准确性。此突变是在3,426倍覆盖度下检测的，平均基线噪音水平为0.32%。IonPGM™系统的高水平准确性和高覆盖深度实现了混杂样品中低频率突变的可靠检测，且置信度高。表2.利用IonAmpli

7、Seq™CancerPanel的基线噪音水平。按键式变异体分析工具数据可利用Torrent软件包（TSS，版本1.5）进行分析，此软件特有IonAmpliSeq™癌症变异体检出插件。此插件是特别为IonAmpliSeq™CancerPanel设计和优化的，可鉴定目标位点上739个已知突变，并提供每个等位基因检出的等位基因频率和置信值。通过第三方软件工具可实现更多的分析选择，包括目标区域中新突变的鉴定和查看，这些工具使用IonPGM™系统的标准输出文件（如BAM、VCF）。castPCR™技术的确认对于IonAmpliSe

8、q™CancerPanel所覆盖的KRAS、BRAF和EGFR突变的确认，LifeTechnologies提供了44个TaqMan®MutationDetectionAssay，它们是由castPCR™技术支持的。castPCR™技术利用竞争性等位基因特异的TaqMan®PCR进行突变检测，检测极限达1-5个拷贝。这