转录组分析的思路.pdf

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1、转录组文章思路和常用软件郝昆问题预期目标转录组符合、不符、相关解释目标（真菌与植物互作）植物抗性植物对营养利用植物免疫应答（次生代谢物质）（激素、氮源等）茉莉酸和水杨酸途径，信硝酸盐、亚硝酸盐代谢相黄酮类物质、抗病蛋白、号转导，植物-菌互作免疫关通路及基因。IAA等促植损伤修复、抗逆物质等反应信号通路物生长途径。文献数据实验验证（生物学、分子生物学实验）数据拼接和注释总况差异基因常规分析GO分类KEGG通路单独基因分析个性化分析系统发育树BLAST拼接和注释总况：目的：为了说明转录组测序质量可靠，拼接后预测的Unigene数量充足，并简单描述这些基因的GO/KO

2、G/KEGG分类等测序总量，质量，预测基因总数，N50，注释基因总数等。描述性语言加表格总的GO分类、KEGG和KOG分类。描述性语言，不用放图，最多放一个。差异表达分析：目的：为了说明转录组测序结果中各样本间存在差异，且差异为目的基因或目标大类。样本之间的相关性和FPKM分布，描述性语言火山图可以放图加描述表明样本间差异以及上下调基因数量。维恩图可以放图加描述表明两两样本间差异的共同部分和特有部分。差异基因聚类的图可以放文章中，可以描述样本间关系。趋势图可以用来查找在样本间存在特定趋势的一类基因。差异基因的GO富集分析，一般会放入文章中，需要GO分类图，如果富

3、集不到，可以做总体差异基因的GO分类。差异基因的KEGG富集分析，一般会放入文章中，需要KEGG富集分类图和具体的KEGG通路图。本转录组富集到了4个通路，涉及植物-菌互作，植物激素信号（茉莉酸信号），氮源代谢，多巴胺合成。具体的差异基因需要有针对性的单独查找，分析HEATMAP实践：将D:TEST10.DiffExprAnalysis10.5.DEGcluster中的文件聚类并输出Export-----listGO作图http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl不改字体比较好DEGup实践：将三个do

4、wn的.lst文件做成GO图DEGdown用R制作KEGG聚类图首先打开RStudio实践：将AMvsACdown的KEGG聚类作图信号肽预测http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/200个差异基因编码的蛋白这些蛋白含有信号肽，有可能为分泌型蛋白，这些蛋白大部分功能未知，但非常有可能参与植物-菌互作过程，值得关注。很多Unigene和Contig注释上同一个基因，且同时有上调和下调的，怎么办？？？为什么？1，同一基因的不同区域2，同一个酶的不同亚基3，同源基因4，拼接错误（最不考虑）如昆虫激素合成途径中，将所有保幼激素合成途

5、径中的保幼激素甲基转移酶（JHAMT）基因挑出来做成表格。实践：将CYP作图（shape替换成colour）局部比对工具BLAST的本地操作下机数据-fastqLane编号机器号Run序号FlowCell号Swatchx,y坐标•第一行以“@”开头，随后为Illumina测序标识别符（SequenceIdentifiers）和描述文字；•第二行是碱基序列；•第三行以“+”开头，随后为Illumina测序标识别符；•第四行是对应碱基的测序质量，该行中每个字符对应的ASCII值减去33，即为对应第二行碱基的测序质量值。FASTAFASTA格式首先以大于号“>”开头，

6、接着是序列的标识符，然后是序列的描述信息。换行后是序列信息，序列中允许空格、换行和空行，直到下一个大于号，表示该序列的结束。ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST开始------运行-------输入cmdWin+R-------输入cmdcd：改变当前目录.代表当前目录..代表上一级目录dir：显示当前目录下所有文件和文件夹。cls：清屏绝对路径相对路径批处理文件可以更便捷！实践：将花生根测序的差异基因和绿僵菌基因组比对。进化树实践：将pban家族蛋白做进化树