单细胞转录组高通量测序分析新进展.pdf

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1、选Hereditas(Beijing)2014年11月，36(11)：1069-1076综述WWW．chinagene．cn单细胞转录组高通量测序分析新进展文路，汤富酬北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心，教育部细胞增殖与分化重点实验室，北京100871摘要：细胞异质性是生物组织的普遍特征。常规转录组测序(RNA-seq)技术需要上万个细胞，所测结果实际上是一群细胞基因表达的平均值，所以难以鉴别细胞之间基因表达的异质性。单细胞RNA—seq技术的分辨率精确至单个细胞，为辨别异质性群体中各种细胞类型的转录组特征提供了有力的工具。近年来单细胞RNA_seq技术发展迅速，在方

2、法学上包括cDNA扩增方法的多样化、对灵敏度和技术噪声的定量分析、浅覆盖高通量单细胞RNA．Seq方法和原位RNA．Seq技术等；在技术应用方面应用范围从早期胚胎发育扩大到组织器官发育、免疫和肿瘤等多个领域。文章对单细胞RNA．seq在方法学和技术应用两方面的研究进展进行了详细阐述。关键词：单细胞分析；转录组；高通量测序；RNA-Seq；异质性Recentprogressinsingle--cellRNA-SeqanalysisLuWen，FuchouTangBi0dynm}coDfic口lImagingCemer．CollegeofLifeSciences，Ministr

3、yofEducationKeyLaboratoryoJCellPr0lonandDifferentiation，PekingUniversity，Beo'ing100871，ChinaAbstract：Cellheterogeneityisageneralfeatureofbiologicaltissues．Standardtranscriptomeanalysi0app。。n0sreauiretensofthousandsofcellstoprovideanaverageviewofgeneexpressionandignoretheinformatonofgeneexo

4、ressionheterogeneity．Thesingle．cellRNA-Seqtechnologiesprofilegeneexpressionatthesingle‘ceIllevelandserveaspowerfultoolstoidentifydistinctphenotypiccelltypeswithinaheterogeneouspopulation-Theslngi。。e儿RNA．Seatechnologieshavebeendevelopedrapidlyinrecentyears．Themethodologicalprogressinclud。am

5、tYOfcDNAamplificationmethods，thequantitativeanalysisofthesensitivityandnoiseofthetechnologies，andthedeve1oDmentofthelow．coveragehigh．throughputsingle—cellRNA-SeqandtheinsituRNA-Seqtechnologies·Fur。thermOre_thescopeofapplicationisextendedfromearlyembryonicdevelopmenttotissueandorgandevelopm

6、0m，immunologyandoncology．Inthisreview,wediscussrecentprogressinmethodologyandapplicationsoftnesln-gle．cellRNA-SeqtechnologiesKeywords：single．cellanalysis；transcriptome；high-throughputsequencing；RNA·Seq；cellheterogeneity收稿日期：2014—08-27；修回日期：2014—09—17基金项目：国家自然科学基金项目(编号：31271543)资助作者简介：文路，博士

7、，助理研究员，研究方向：单细胞分析，基因组学。E·mail：wenlu．wl@gmail．cornDOI：10．3724／SP．J．1005．2014．1069网络出版时间：2014．10．810：02：13URL：http：／／www．cnki．net／kcms／detail／11．1913．R．20141008．1002．001．html1070遥Hereditas(Beijing)2014第36卷自20世纪90年代以来，分子生物学技术的快前高通量测序文库需要至少数十纳克DNA，因此单速发展极大地提高了人们对转