马铃薯卷叶病毒中国株基因组全序列及马铃薯s病毒内蒙分离株3＇端序列的分析

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1、万方数据NucleotidesequenceanalysisofthegenomeofPotatoleafrollvirus-Chinaand3'endpartofPotatovirusS—InnerMongoliaThesissubmittedtoQ叼缸oAgriculturalUniversityInFulfillmentoftheRequirementfortheDegreeofMasterofAgronomyAuthor：JunyingLiu(CollegeofAgronomyandPlantProtect

2、ion)Supervisor：Prof．JianfengZhangQingdao．ChmaJune，2012万方数据独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得青岛农业大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：右乏j俊受时间：7,0I≥年7月』日关于论文使用授权的说明本人完全了解

3、青岛农业大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意青岛农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。(保密的学位论文在解密后应遵守此协议)研究生签名：刻俊萤时间：刀11年7JlS"日导师签名：魏勘峰时间：刀1≥年7月』日万方数据青岛农业大学硕士学位论文摘要马铃薯卷叶病毒中国株基因组全序列及马铃薯S病毒内蒙分离株3，端序列的分析摘要马铃薯卷叶病毒(Potatoleafrollviru

4、s，PLRV)和马铃薯S病毒(Potatovirus墨PVS)是马铃薯上的两种重要病害。马铃薯卷叶病毒中国分离株(Potatoleafrollvirus—China，PLRV-CH)至今未有全序列报道，在其他分离株的全序列报道中末端序列测定结果也存在较大差异，将影响对其功能的进一步研究；而且PLRV-CH必然存在与其他分离株不同的特性，也值得进一步探究。PVS属麝香石竹潜隐病毒，起初危害不显症状，易造成病毒积累，造成马铃薯产量长期得不到提高，再加之其与其他多种病毒有协同作用关系，也可引起较大的危害。确定马铃薯S病毒

5、内蒙分离株(PotatovirusS-InnerMongolia，PVS—M的所属株系，才能更有针对性的防治病害，培育抗病品种，和评估产量损失。本研究主要结果如下：1．本研究获得了完整的马铃薯卷叶病毒中国分离株基因全长序列5884nt。首次发现5’最末端第一个碱基U，为VPg与核酸链的连接机制研究提供参考；进一步证明3’最末端为GU，丰富了马铃薯卷叶病毒属末端碱基为GU的证据。·2．建立了两套适用于低丰度马铃薯卷叶病毒RNA末端序列测定而且简便易行成本低效率高的体系。设计了无polyA的RNA37末端用NH2修饰D

6、NASplintPrimer搭桥的加尾方法。加尾产物可直接做下游反应的模板是两体系的共同特性。新技术更可以实现PLRVRNA3『末端特异性加尾，再配合特殊温度控制的RT-PCR，在5h内即可完成实验。两体系的建立使本研究可以感染马铃薯卷叶病毒植物总RNA为模板，获得马铃薯卷叶病毒非编码区序列。3．PLRV-CH序列在可能存在的Rapl和ORF6区域中存在特有终止子突变，但是否存在这两个蛋白还需要进一步确定。在Rapl和滑动序列区间以及5’和3『末端存在的茎环结构中茎结构保守，突变大多发生在环结构处和茎结构的非核心区

7、域，茎结构的核心区域是通过核苷酸变异分析基因功能的首选；存在于变异区间的保守区域往往具有重要作用。4．本研究获得了PVS．IM分离株3’端序列，经比对该分离株3’端核酸和氨基酸序列，以及外壳蛋白N端氨基酸区域表明属于PVSo株系；还发现亚基因组增强子区域也具有万方数据青岛农业大学硕士学位论文摘要区分两株系的区别．关键词：加尾；茎环结构；翻译增强子；突变万方数据青岛农业大学硕士学位论文摘要Nudeotideanalysisofthe“一纫toleafrollNucleotidesequenceanalysisel乏e

8、nomeot1"olea]roll纪virus-CHand3'endofPotatovirusS-InnerMongoliaAbstractPotatoleafrollvirus(PLRV)andPotatoviruss(Pvs)aretwokindsofimportantdiseasesofPotato．ThereWasnoreportofPotatole