汉坦病毒西安分离株基因组全序列测定及分析

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1、陕西医学杂志2013年12月第42卷第12期1581汉坦病毒西安分离株基因组全序列测定及分析西安市疾病预防控制中心(西安710054)吴瑞余鹏博△李静▲杜全丽陈海龙刘继锋李恒新马超锋摘要目的：测定分离自西安地区黑线姬鼠携带的的汉滩病毒毒株XAAal0091712全基因组序列，对各片段进行进化分析。方法：设计各片段引物，采用反转录一聚合酶链反应，分节段扩增各基因片段，直接用PCR产物或克隆入pMD18一T载体后进行测序分析。结果：汉坦病毒毒株XAAal0091712全基因组由11845个碱基构成，其中

2、A为3800(31．99)，C为2085(17．55)，G为2551(21．47)，T为3444(28．99)；分s、M、L3个片段，各片段进化分析显示其与汉滩病毒贵州分离株高度同源。结论：该毒株属汉滩型病毒，与我国贵州地区汉坦病毒同源性较高，分型属于s2／M9／L4。主题词汉滩病毒@西安分离株基因组序列分析【中图分类号】R373．2【文献标识码】A【文章编号】1000-7377(2013)12—1581—03汉坦病毒(Hantavirus，HV)属布尼亚病毒科汉病毒颗粒为3+以上收获病毒。坦病毒属

3、，是分节段的RNA病毒，其基因组由小(s)、3病毒RNA提取和逆转录利用Trizol试剂中(M)和大(L)3个片段组成口]。在欧亚大陆HV主(美国Invitrogen公司)提取RNA，利用六碱基随机引要引起肾综合征出血热(Hemorrhagicfeverwithre—物按照试剂说明书合成cDNA(Fermentas，Canada)。nalsyndrome，HFRS)，中国是HV危害最为严重的4基因组序列扩增、克隆和序列测定以国家，每年HFRS病例占世界发病总数的9O以上，Genebank中汉滩病毒原

4、型株76-118为模板，参考其主要由黑线姬鼠携带的汉滩型病毒(Hantaanvirus，他序列，选择汉坦病毒基因组保守序列，利用PrimerHTNV)和由褐家鼠携带的汉城型病毒(Seoulvirus，Primer5．0软件设计。扩增s、M、L片段，产物直接测SEOV)引起[2]。陕西省病例报告数始终位于全国序或构建人质粒克隆后测序。由invitrogen公司采用前列，尤其是2010年HFRS病例数为全国各省之首。ABIPRISMTM373O测序仪测序。2009~2010年对西安地区高发的长安、户县啮

5、齿动物5序列进化分析利用Bioedit、Mega5等软件，进行监测显示，啮齿动物中携带HV带毒率高是引起将测序结果与Genebank中HV的相应序列比对，构2010年HFRS高发的主要原因Es,。现有的西安地建进化树，分析西安地区2010年HV分离株与其它区HV毒株的基因特征均来自于1984年分离的两株毒株的亲缘关系。毒株，近年来未见相关报道，为研究西安地区近年来结果HV毒株特征，我们利用VERO—E6细胞成功从宿主1汉坦病毒的分离标本XAAa1O091712号鼠动物分离到5株野毒株，对其中一株进行

6、了全基因组肺接种细胞后盲传九代病毒颗粒经直接免疫荧光法检序列测定。测为强阳性，反复冻融3次后收获病毒，毒株编号为西材料与方法安(xA)黑线姬鼠(Aa)采集日期(100917)及序号1标本来源宿主动物采集自陕西省西安市户(12)。县，经鉴定为黑线姬鼠，雄性，亚成体。鼠肺经直接免2病毒全基因组序列构成及碱基组成情况经疫荧光法和RNA检测为强阳性，液氮保存待用。测序，毒株XAAal0091712全基因组(Genebankac—2汉坦病毒分离将标本XAAa10091712号鼠cessionNo．GN5425

7、42)为11845个碱基构成，病毒基肺利用组织研磨器(TissuelyserLT，QiagenHildon，因组分S、M、L3个片段，其中A为3800(31．999，6)，CGermany)以细胞维持液为介质均质，离心取上清液接为2085(17．55)，G为2551(21．47)，T为3444种Vero—E6细胞，盲传3代后，直接免疫荧光法检测，(28．99)。3S片段序列的比较及系统发育分析S片段*陕西省科技计划项目(2011JM4010)由1697个碱基构成，其中A为521(30．709／6)，

8、C为△陕西省疾病预防控制中心336(30．80)，G为402(23．69)，T为438(25．▲陕西省人民医院81)。开放读码框位于37—1323个碱基处，共编码#通讯作者275个氨基酸，见图1。1582陕西医学杂志2013年12月第42卷第12期NC0o52H■m

9、"■r恤7”8D25531Hankum■r懈c'-2AF2a82日2H■惭n月LR1DQ3719OeHenta”nmQ32^F189155HnrutZl0DQ989237Hawu8Nc167AJ41061