四川部分地区ped和tge分子流行病学调查及pedv部分s基因变异分析

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1、万方数据论文独创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行研究工作所取得的成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，学位论文中不包含其他个人或集体己经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得四川农业大学或其它教育机构的学位或证书所使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究～：捣蚀段／

2、Z纠肇莎月『／日关于论文使用授权的声明本人完全了解四川农业大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅，可以

3、采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意四川农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。承论文不保密。口本论文保密，在年解密后适用本授权。(请在以上口内划“、／”)研究生签名：鹅绍舡2／。吁年／月1f曰钟戤：书屹幽晦6月帅万方数据{IllllIIll111qlllitIIIIIIII摘要J0⋯1兰11—87猪流行性腹泻(Porcineepidemicdiarrhea，PED)和猪传染性胃肠炎(Transmissiblegastroenteririsofswine，TGE)分别由同属于冠状病毒科冠状病毒属的

4、猪流行性腹泻病毒(Porcineepidemicdiarrheavirus：PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒fTransmissiblegastroenteritisvirusofswine，TGEV)弓I起的以腹泻、呕吐、脱水为特征，严重危害哺乳仔猪的两种高度接触性肠道传染病。四川地区从2011年10月份开始，在全省范围内爆发以仔猪水样腹泻，死亡率极高为特征的腹泻疫情，给我省带来了严重的经济损失。此次疫情中进行了PEDVTGEV二联疫苗免疫的猪场也并无幸免。为了明确此次腹泻疫情中的主要病毒病原分布情况、感染情况以及PEDV在此次腹泻疫情中的变异

5、情况，特开展本研究。本试验样本采集于2011年10月至2012年4月、2012年10月至2013年4月两个时间段，包括四川I省资阳、广元、攀枝花、成都等10个区域进行腹泻样品采集工作，覆盖了四川东部、西部、中部地区的大部分养猪区域。共收集腹泻仔猪的粪便样品和小肠组织样品412份，利用实验室所建立的PEDV和TGEVRT．PCR检测方法进行分子流行病学调查。调查结果显示，2011年10月至2012年4月时间段的186份病料中检测出猪流行性腹泻病毒阳性82份、阳性率为44．09％，猪传染性胃肠炎病毒阳性15份、阳性率为8．06％，猪流行性腹泻和猪传

6、染性胃肠炎病毒混合感染7份、混合感染阳性率为3．76％；2012年10月至2013年4月时间段的226份腹泻病料进行RT．PCR检测，其中检测出猪流行性腹泻病毒阳性118份、阳性率为52．12％，猪传染性胃肠炎病毒阳性37份、阳性率为16．37％，猪流行性腹泻和猪传染性胃肠炎病毒混合感染12份、混合感染阳性率5．31％。结果表明，在四川省范围内发生的猪腹泻疫情中PEDV为主要病毒病原，并发或者继发感染TGEV。从PEDV检测获得的阳性病料中扩增得到15株PEDV部分S基因序列，分别连接到pMl9．T载体，进行克隆测序。测序结果显示，获得的部分s

7、基因核苷酸长度为651bp，编码217个氨基酸。将获得的部分S基因序列与NCBI上下载的15条PEDV的S基因全基因序列进行遗传演化分析，本文研究表明四川地区获得的阳性PEDV毒株属于同一分支，与国内湖南、甘肃等地区最近几年流行的毒株亲缘关系较近，与韩国毒株亲缘关系较近，与黑龙江、江苏、河南等地区流行的毒株亲缘关系较远，与传统使用的疫苗株万方数据CV777亲缘关系较远。15株阳性PEDV毒株部分S基因的氨基酸同源性分析，四川地区克隆得到的15株阳性PEDV毒株之间的亲缘关系出现地域性差异，同·区域内相似性较高，不同地区间差异性较大。与疫苗株(C

8、V777)比较，氨基酸相似度仅为84．4％～88．3％。通过此次流行病学调查，我们确定了四川地区这两个时间段发生的腹泻疫情以PEDV为主要病毒病原，并发或者继发感染TGEV。通过部分S基因氨基酸遗传变异分析，我们确定了此次四川地区流行的PEDV毒株和国内湖南、甘肃等地区最近几年流行的毒株亲缘关系较近，与韩国毒株亲缘关系较近，与黑龙江、江苏、河南等地区流行的毒株亲缘关系较远，与传统使用的疫苗株CV777亲缘关系较远，而且与疫苗毒株CV777氨基酸同源性较低。关键词：猪流行性腹泻；猪传染性胃肠炎；分子流行病学调查；遗传变异分析II万方数据Abstr

9、actYangShaolin(Masterofveterinary)DirectedbyProfessorYahQiguiPorcineepidemi