利用外显子组测序筛选一个arca家系的致病基因

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1、中图分类号胁，硕士学位论文学校代码!Q533密级公珏利用外显子组测序筛选一个ARCA家系的致病基因ScreeningforthecausativegeneinanAutosomalRecessiveCerebeUarAtaxiapedigreeusingExomeSequencing作者姓名：严伟倩学科专业：临床医学研究方向：神经病学学院(系、所)：湘雅医院指导教师：唐北沙教授论文答辩日期塑!窒!!：兰乡答辩委员会主中南大学二O一三年五月原创性声明本人声明，所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究

2、成果。尽我所知，除了论文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得中南大学或其他单位的学位或证书而使用过的材料。与我共同工作的同志对本研究所作的贡献均已在论文中作了明确的说明。作者签名：墨使筠日期：旦年』月』日学位论文版权使用授权书本人了解中南大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留学位论文并根据国家或湖南省有关部门规定送交学位论文，允许学位论文被查阅和借阅；学校可以公布学位论文的全部或部分内容，可以采用复印、缩印或其它手段保存学位论文。同时授权中国科学技术信

3、息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》，并通过网络向社会公众提供信息服务。日期：型王年—明』日摘要利用外显子组测序筛选一个ARCA家系的致病基因背景：常染色体隐性遗传小脑性共济失调(Autosomalrecessivecerebellarataxia，ARCA)是一组比较罕见的单基因遗传性疾病，以小脑性共济失调为主要临床表现，具有显著的临床及遗传异质性，迄今为止，已发现有20余种亚型。全基因外显子组测序是最近兴起的寻找疾病致病基因的一种高效、经济的研究方法，对常见和罕见变异具有高度敏感性。目的：本研究对

4、一例常染色体隐性遗传性小脑性共济失调家系进行外显子组测序分析结合纯合子定位来筛选该疾病的候选致病基因。方法和结果：我们对家系内两名患者进行了外显子组测序，在2个样本中检测到单核苷酸变异位点的数目分别为10917个和10354个，其中有722个单核苷酸变异位点为两样本所共有，插入缺失(Insertion—deletion，Indel)的数目分别为575个和560个，72个为两样本共有。经过已知公共数据库的过滤以及纯合区域的定位，最后筛选出8个新发的纯合单核苷酸变异位点：SSRPJ『基因(Intron8，IVS8—10c

5、>t)、TTYH2基因c．7109>a(p．R237H)、TNKSlBPl基因c．40159>a(p．V1339M)、UBE20基因C．16099>a(p．D537N)、RCOR2基因c．6349>a(p．V212M)、MZT2B基因c．341c>t(p．A114V)、CCDC74A基因c．506t>c(p．M169T、)、OR5J2基因c．831c>g(p．F277L)。利用在线数据库对这8个新发序列变异位点所在基因进行生物功能分析，并利用Sanger测序方法对家系内成员进行共分离验证，发现SSRPI基因和OR5J

6、2基因的序列变异与表型共分离。这两个基因是否为致病基因还有待进一步的验证。通过功能分析，我们猜测与DNA复制、转录及修复有关的SSRPI基因为候选致病基因的可能性大，况且SSRPl基因定位在我们确定的高可信纯合区间内。结论：本研究通过外显子组测序结合纯合子定位的方法将该家系的候选致病基因锁定在SSRPl基因和OR5J2基因；建立了利用外显子组测序结合纯合子定位法克隆ARCA致病基因的技术平台。II关键词：常染色体隐性遗传小脑性共济失调；全基因外显子组测序；纯合子定位；致病基因IIIScreeningforthecau

7、sativegeneinanAutosomalRecessiveCerebellarAtaxiapedigreeusingExomeSequencingABSTRACTBackground：Autosomalrecessivecerebellarataxia，withthecerebellarataxiaasitsmainclinicalmanifestationisararemonogenicgeneticdisease，whichcomprisesalargegroupofclinicallyandgenetic

8、allyheterogeneousneurodegenerativedisorderswithmorethan20differentformscurrentlyrecognized．Whole—exomesequencingisapowerfulandcost—effectivenewresearchtechnologyfordissectin