野桑蚕转录组测序与正向选择基因分析

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1、单位代码１０６３５学号１１２０１２３３１００２１２０硕士学位论文野桑香转录组测序与正向选择基因分析论文作者：付博华指导教师：夏庆友教授程廷才副教授学科专业：生物化学与分子生物学研究方向：基因组与生物信息学提交论文日期：２０１５年５月３０日论文答辩日期：２０１５年６月Ｓ日学位授予单位：西南大学中国？重庆２０１５年５月西南大学二零一五届硕士学位论文野桑蚕转录组测序与正向选择基因分析学科专业生物化学与分子生物学研究方向基因组与生物信息学指导教师夏庆友教授程廷才副教授研究生付博华中国？重庆２

2、０１５年５月ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅＳｅｕｅｎｃｉｎａｎｄＰｏｓｉｔｉｖｅＳｅｌｅｃｔｅｄＧｅｎｅｓｑｇＡｎａｌｓｉｓｏｆＢｏｍｂｘｍａｎｄａｒｉｎａｙｙＭａｏｒＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒａｎｄｍｏｌｅｃｕｌａｒｂｉｏｌｏｊｙｇｙＦｉｅｌｄＧｅｎｏｍｅａｎｄｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＰｒｏｆ．ＱｉｎｏｕＸｉａｇｙＡｄｖｉｓｏｒＡ．Ｐ．ＴｉｎｇｃａｉＣｈｅｎｇＣａｎｄｉｄａｔｅＢｏｈｕａＦｕＣｈｏｎｉｎＣｈｉｎａｇｑｇ，Ｍａ２０１５ｙ，独创性声明学位论文题目：野桑蚕转录组测序与ｉＨ向选择

3、基因分析本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方夕卜，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为一获得西南大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。学位论文作者签字日期：；年月６丨日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解西南大学有关保留、使用学位论文的规定，有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。本人授权西南大学研究生院可以将

4、学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。（保密的学位论文在解密后适用本授权书，本论文：‘密，□保密期限至年月止）。：学位论文作者签名：＾４＾导师签名签字日期：年ｔ月日签字日期：年６月日学位论文作者毕业后去向：：工作单位：电话通讯地址：：邮编＾目录—＾ＩＡｂｓｔｒａｃｔＩｌｌ一第章文献综述１１．１野桑香特点概述１１．．１１野桑蚕形态特征１１．２．１野桑蚕生物学特征３．４１２物种驯化概述．１１．２驯化的定义４

5、１．２．２５驯化的结果１．２．３６驯化基因的分子机制．１３家蚕驯化的研究进展７１．３．１野桑香与家香的起源７１３．２８．家香驯化机制研究进展第二章引言１１２．１研究背景及目的意义１１２．２１１主要研究内容２３１２．研究技术路线１３第三章野桑蚕转录组测序３．１实验材料与方法１３３．１１１３．实验材料．２３．１主要实验仪器１３３１．３１４．主要实验试剂３．１．４ＲＮＡ提取与质量检测１４３．．１５转录组测序文库构建１５３１１．．６转录组测序文库质量控制８３．１７．转录组测序文库测

6、序１９３．２实验结果２１３２．１转录组ＲＮＡ提取与质量检测２１．３．２．２转录组文库质量控制２２．２２３３讨论第四章ｄｅｎｏｖｏ组装与基因注释及ＳＮＰ鉴定２５ｉ西南大学硕士学位论文４．１实验材料与方法２５４．１．１测序原始数据处理及ｄｅｎｏｖｏ组装２５４２６．１．２基因注释４．１．３ＳＮＰ鉴定２７４．２实验结果２７４．２．１测序原始数据统计与质量评估２７４．２．２ｄｅｎｏｖｏ组装统计２９４．２．３基因注释结果２９４．２．４ＳＮＰ鉴定结果３３４．３讨论３３

7、第五章野桑香转录组表达谱分析３５５．１实验材料与方法３５５．１．１转录组ｉｍｉｇｅｎｅ表达量计算３５５．１．２基因差异表达分析３６５．２实验结果……３６５．２．１基因差异表达分析结果３６５２２丝蛋白相关基３６．．因分析５．３舰４３第六章野桑蚕正向选择基因鉴定与功能分析４５６．１实验材料与方法４５６．１．１野桑香直系同源基因鉴定４５６．１．２野桑蚕Ｋａ／Ｋｓ分析与正向选择基因的鉴定４５６．１．３野桑香正向选择基因ＫＥＧＧ