中国地区一株新型黄头病毒的分子流行病学

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1、学校代码：10264研究生学号：M120104132上海海洋大学硕士学位论文中国地区一株新型黄头病毒的分子流题目：行病学Molecularepidemiologyofanewyellow英文题目：headvirusstraininChina专业：临床兽医学研究方向：水生动物疾病诊断技术研究姓名：朱罗罗指导教师：黄倢研究员二O一五年五月二十日上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容

2、。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士学位论文上海海洋大学博/硕士学位论文答辩委员

3、会成员名单姓名工作单位职称是否硕士导师备注相建海中科院海洋所研究员是主席孙黎中科院海洋所研究员是委员战文斌中国海洋大学教授是委员张士璀中国海洋大学教授是委员张晓华中国海洋大学教授是委员李晨黄海水产研究所工程师否秘书2015年6月4日上答辩日期答辩地点黄海所1号楼3楼会议室午9:00I上海海洋大学硕士学位论文中国地区一株新型黄头病毒的分子流行病学摘要近年来，对虾养殖业作为我国的重要产业迅速发展，随着养殖规模的扩大和集约化的养殖模式推广，对虾病害在我国呈高发趋势，我国每年因对虾病害造成的损失多达数十亿元。对虾黄头病是重要的对虾病害之一，二十年来给世界对虾养殖造成严重损失。该病毒致病

4、力强，一旦感染发病，死亡率很高，且很难防治。该病多发生于东南亚及澳洲地区，此前从未对我国养殖对虾造成损失。2012年，我们采用OIE检测手册的YHV套式RT-PCR方法首次从河北地区的发病对虾内检测到该病毒，并进行了进一步的研究。为查明YHV在我国的存在和变异情况，本研究采用世界动物卫生组织(OIE)《水生动物诊断手册》中YHV套式RT-PCR检测方法对2012-2014年采集的299份样品进行了YHV监测，并对部分YHV阳性样品基因进行了克隆测序及系统发育分析。流行病学调查表明，299份样品中YHV的阳性率为11%，我国养殖的中国明对虾、凡纳滨对虾、日本囊对虾以及罗氏沼虾的部

5、分样品中均检出了YHV阳性，中国明对虾和罗氏沼虾是本次调查中新发现的YHV自然宿主，而且YHV在中国明对虾中的检出率最高，调查结果对增补YHV的宿主范围有重要意义。对6份较强阳性样品YHV基因组ORF1b内1002bp的分型片段进行克隆测序和序列分析，序列比对结果显示阳性样品的YHV与目前已知YHV的6个基因型相似度为81.0%~90.5%，系统发育树分析显示6份阳性样品归于同一分支，但与已知YHV的6个基因型均不在同一分支内，其与YHV基因1型亲缘关系较近。对阳性样品YHV基因组ORF3内编码gp116蛋白的一段序列进行克隆测序，发现其序列长度为509bp，与YHV1-a型的

6、545bp、YHV1-b型的383bp和YHV-2型的476bp均不同；依据该片段构建的系统发育树显示，6份阳性样品归于同一分支，与YHV已知的6个基因型不同，其与YHV-1型亲缘关系较近，且与II上海海洋大学硕士学位论文YHV1-a型相似度大于YHV1-b型。对其中2份样品的ORF2序列进行比对发现，2份样品序列相似性为99.8%，蛋白序列完全相同，与YHV-1型的序列相似度为85.9%，与GAV相似性为80.9%。通过YHV核酸检测和序列比对结果表明，感染我国养殖对虾的YHV为一种新的株型。这为研究我国对虾新发疫病的病原学病因提供了重要信息，该结果也表明我国养殖对虾正面临着

7、新的病害威胁。本研究在YHV中国株全基因组序列的基础上，通过对YHV中国株和YHV已知株系的全基因组进行比对发现，YHV中国株与YHV已知株系全基因组的相似度为75.4%-82.3%，其中ORF2内约200bp片段与已知YHV基因型为共同保守序列，ORF1内CR2片段存在约250bp序列保守性更高。并根据CR2内保守序列设计相关的LAMP通用引物，对YHV病毒所有基因型进行检测。YHV的致病性基因型主要为YHV-1型，为研究本实验室新发现YHV病毒的致病力，挑选20120706（河北唐海）、