家蚕未受精卵表达序列标签EST分析

《家蚕未受精卵表达序列标签EST分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、西南农业大学硕士学位论文家蚕未受精卵表达序列标签（EST）分析姓名：邱咏梅申请学位级别：硕士专业：特种经济动物饲养指导教师：夏庆友2003.6.1摘要家蚕是丝绸业的生物基础。通过EST测序从分子水平上获得大量数据，可为家蚕基因组结构和绝大部分基因提供信息，为进一步进行家蚕功能基因的研究奠定基础。．家蚕的EST数据的收集在新基因的发现、基因敲除的1i}】f究和基因苓片的制备以，。j及发育分析等方面具有重大的价值。《i改家蚕肾矗老卵和正常形卵的未受精卵弓／为材料建立了cDNA文库，这些未受精卵的细胞中含有大量的早期胚胎发育所必需的信息。f+f母性基因是指这些未受精

2、艘中所含有的大量影响后代发育的一类基因，这些基因在卵子发生过程中表达，在卵子发生过程或胚胎发育过程中翻译。母性基因在胚胎的早期发育阶段起着至关重要的作用，主要功能是决定轴的分化、卵裂方式的形成和形态的发生。在昆虫的早期发育中，胚胎的前后轴和背腹轴分别独立地由母性基因产物决定。这些母性基因主要编码转录因子或调控蛋白，它们的产物通常形成一定的浓度梯度并产生特异的位置信息，以进一步激活一系列合子基因的表达。随着这些基因的表达，胚胎被分成不同的区域。每个区域表达特异性基因的组合，沿前后轴或背腹轴形成一定的体节模式。未受精卵中的mRNA及蛋白质均属于母性基因产物。L一，

3、，，“，t、莩、．歹一专陲验，先将获得的原始数据屏蔽载体序列，然后再去除低质量和小于l。0bp的小片段。f这些EST序列再采用ClustalW软件进行拼接。将获得的EST序列的六个～阅读框用BLASTX软件与GeneBank中1，230．998条非冗余的蛋白质序列数据库进行比对，用BLASTN软件与GeneBank中1，453，916条核苷酸序列数据库进行比对，寻找具有相似性的蛋白质和核营酸序列。对只知氨基酸序列但功能未知的基因，运用SMART软件分析其结构域，从而推测所获得的表达序列标签可能的性质和功能。另外这些数据还与家蚕EST数据库SILKBASEhtt

4、p：／／www．ab．a．u·tokyo．ac．jp／silkbasel中的28个cDNA文库的EST序列进行比对。对于己知基冈则进入http：／／www．geneontology．org网址进行基因功能分类。．j一一，、。if

5、一，毒塞验疆终残葫获褥391条EST枣碉，平均读妖659bp。f鬻c[usterW毙较分褥厉拼接得到374个非照复序列，其中援犬的由4条EST组成，罐疑的为l958bp。374条非重熨序列中15条是coBtig，118条singletons是正常型来受精卵中的EST序列，其余24I条是肾照形束受精费文瘁中豹。通过犬援模韵EST测痒和分

6、析，获褥了大量功能基因的信息。经生物信息学分析发现，171个与融朔基因爨鸯较毒躲相{娃性(已知基因)，25个与已知序列具有较高的相似性(新基因)，其余178个为低度稳镢或揽有相{

7、；}经豹痔列(未知鏊函)。来受精舞文库提供了大量韵母性基困靛信惠，夺巨验共获得3个与已知的母性基因高度相似的EST序列；；分另唾是BmVLG、capu积8nnexinb13。荚余剥点要燕一些与I)NA复制，熊量代谢，信号传礤以及胚胎发商中个体形成等相关的基因相似的序列。这些有嗣豹信惠为母性基因功能的研究提供了序列信息，为进一步研究家蚕胚胎早期发商的调控提供基础数据，同时还对家蠢功能基

8、因缀的獗究具有蕊要搀动痒肌。每j)一～‘’蛰关键词：家蚕表达序列标艇≮EST)4束受糟卵母性基因～～一～J一一⋯一UABSTRACTSiikworm(Bombyxmori)isabasicbiologicunitofthesericulture，EST(expressedsequencetag)sequencingcanobtaindetailedinformationconcernedonmolecularlevelandsupplythesilkworm’sgenomicstructureandtheinformationofmostgenes．Itisa

9、significantcasestudyvaluableforthefurtherachievement．Thecollectionsofsilkworm’sESTdatabasehavegreatcontributionindiscoveryofnewgene．sandstudyofgeneskickoffandpreparationofgenechip．ThisstudyconstructedcDNAlibrariesfromthesilkworm’skidneyandnormalunfertilizedeggs，thesecellsofunfertili

10、zedeggsexpressplent