《总结课程》PPT课件

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1、生物信息学复习重点生物信息学概念《生物信息学》第一讲生物信息学从事对基因组研究相关生物信息的获取、加工、储存、分配、分析和解释。一是对海量数据的收集、整理与服务，也就是管好这些数据。另一个是从中发现新的规律，也就是用好这些数据。生物信息学数据库《生物信息学》第二讲生物信息学数据库序列数据库结构数据库基因组数据库一次数据库DNA序列蛋白质序列蛋白质结构人类基因组以及其它生物基因组生物信息学数据库数据库管理系统Oracle/sybase大型计算机服务器大容量磁盘空间序列数据库结构数据库基因组数据库二次数据库文献数据库生物

2、信息学数据库专家序列数据库DNA数据库DDBJGenBankEMBL1988年NCBINIGEBI数据记录格式数据搜索系统Entrze检索系统：NCBISRS检索系统：EMBL、DDBJ检索系统数据格式GenBankEMBLDDBJGenBank格式EMBL格式DDBJ格式fastaTheSwiss-ProtgroupsfromtheSIBandtheEBI(2002)-(Photoby:AmosBairoch,SIB)Uniprot特点高质量更新速度快与其他数据库联系密切使用快捷方便分析工具齐全结构数据库1.PDB

3、数据库1971年建立于美国布鲁海克海文国家实验室。该数据库中收集了通过X射线衍射和核磁共振（NMR）试验测定的蛋白质结构的精确坐标数据。这种数据即蛋白质中的原子坐标是蛋白质结构的最细致的层次。该数据库的管理者是结构生物信息学合作研究组织（ResearchCollaborationforStructuralBioinformatics，RCSB2.MMDBMMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析NCBIUCSCensembl基因组数据库NCBI《生物信息学

4、》第三、四讲“对于总是把他们亲爱的人的健康摆在首位的美国公民来说,他们可以为他们的国立医学图书馆而骄傲。因为她从研究中获取生命科学的知识,加以组织并传播给最可能利用这些知识的人,以便他们同疾病、伤残作斗争,提高我们大家生命的素质”。1986年1月29日,里根总统签署了一项声明,宣布1986年为美国国立医学图书馆150周年纪念年。MEDLINEPreMEDLINEPublishersuppliedcitationsPubmedhttp://www.pubmed.gov/MeSH是Medical Subject Head

5、ings的缩略词，即医学主题词，是用规范化的医学术语来描述生物医学概念。NIH的工作人员按MeSH词表规定，浏览生物医学期刊全文后标引出每篇文献中的MeSH主题词，其中论述文献中心的主题词称主要主题词（majortopic headings），论述主题某一方面的内容的词称为副主题词。（二）短语检索如果在短语上加双引号，将不执行转换功能例如：“singlecell”（三）布尔逻辑运算：AND、OR、NOT必须大写比如“singlecell”AND“VitaminC”（四）截词检索：*例：输入bacter*，检出bact

6、eria、bacterium等备注：将不执行转换功能；截词检索只限于单词，对词组无效，NCBI检索文献检索序列比对序列PubMedGenBankGenBankEntrzeEntrzeBlast最主要的以下三种High-ThroughputGenomicSequence(HTGS)WholeGenomeShotgunSequences(WGS)EST,STS,andGSSEST：表达序列标签STS：序列标签位点GSS：基因组短序列《生物信息学》第五、六讲序列比对建立评分矩阵执行比对（动态规划算法）确定最佳途径Pam25

7、0blosum62fastablast序列比对的过程Dr.MargaretOakleyDayhoff,creditedasthefounderofBio-Informatics,ca.1980历史寻踪最大的成绩或许就是得分矩阵的出现，Dayhoff被称作生物信息学之父或许更合适。简单了解Dayhoff矩阵Relationshipbetweenscoringmatrices.TheBLOSUM62hasbecomeadefactostandardscoringmatrixforawiderangeofalignment

8、programs.ItisthedefaultmatrixinBLASTPAM模型可用于寻找蛋白质的进化起源BLOSUM模型则用于发现蛋白质的保守域0.3=2-（1+2/3）序列1：GCC-UCG序列2：GCCAUUG局部比对序列1：CAGCC-UCGCUUAG序列2：AAUGCCAUUGACGG全局比对《生物信息学》第七、八讲BLASTBLA