微生物基因组测序分析策略

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1、微生物基因组测序分析研究对象简单基因组（质粒、支原体、衣原体等）、细菌、真菌、环境Meta研究领域：研究层面：基因组（DNA）、转录组（RNA）、表观（组蛋白修饰和DNA甲基化）相关仪器：Hiseq2000/2500/4000，Miseq(Illumina)；CG；Opticalmapping(Opgen)；TripleTOF5600、ABSciexQTRAP5500,etc...BGITrans-omics基因组学第一部分基因组学研究真菌细菌基因组调查基因组调查精细图精细图完成图重测序重测序ITS测序16srDNA测序Conten基因组从头测序

2、细菌基因组注释分析编码基因预测方法基因组注释方法基因组重测序宏基因组学分析基因组从头测序产品概述从头测序即denovo测序，不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台，为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。基因组从头测序Schematicoverviewoftheassemblyalgorithm基因组从头测序1、基因组调查目的：1、检查是否样品污染；2、调查基因组情况（G

3、C含量、重复序列、基因组大小、杂合度等）；3、为后续改善组装提供依据。基因组从头测序1、基因组调查GC含量与Depth关联分析K-mer分析基因组从头测序Clean真菌denovoReads组装非编码RNA预测rRNA&tRNA组装结果评价组装结果重复序列分析重复序列分泌蛋白预测基因预测参考基因共线性分析ORFs基因组调查：只进行精细图：进行精细组基因家族分析粗略组装，一次调试，装，多次调试，承诺不承诺组装指标。组装指标。基因功能预测KEGG/COG/SwissProt/TrEMBL/NR/GO基因组从头测序真菌denovo基因组调查精细图研究平台Hiseq

4、2000Hiseq2000测序深度50X100X测序策略91PE91PE建库策略500bp170bp+500bp+5kb承诺指标无ScaffoldN50≥300kb信息分析简单评估精细组装+高级项目周期40工作日70工作日基因组从头测序细菌denovo基因组岛预测测序数据基因组调查：只进前噬菌体预测行粗略组装，一次调试，不承诺组装Denovo组装CRISPR预测指标。rRNA&组装结果评价组装结果Non-codingRNA注释tRNA精细图：进行精细COG注释重复序列注释Repeat组装，多次调试，承诺指标：基因组环形图分析基因预测scaffold<45共线

5、性分析完成图：进行精细ORFs基因功能注释组装，多次调试、基因家族分析补洞，承诺指标：KEGG/COG/SwissProt1contig,0gapRef_gene/TrEMBL/NR/GO基因组从头测序细菌denovo基因组调查精细图完成图研究平台Hiseq2000Hiseq2000Hiseq2000+(454)+(OM)+Sanger测序深度100X150X>150X测序策略91PE91PE91PE建库策略500bp500bp+2K/5kb170bp+500bp+2K/5kb承诺指标无ScaffoldNo.≦601contig,0gap信息分析简单评估精细

6、组装+高级完整组装+高级项目周期40工作日45工作日75工作日基因组从头测序细菌denovo细菌完成图（1contig,0gap）多种策略综合运用：1、Hiseq1小2大片段数据组装2、Opticalmapping（可选）3、454（可选）4、补洞及验证（sanger平台）…基因组从头测序FAQQ1：什么是Read、Contig、Scaffold？Read：测序读到的碱基序列片段；Contig：由reads通过对overlap区域拼接组装成的没有gap的序列段；Scaffold：通过pairends信息确定出的contig排列，中间有gap。Q2：什么

7、是N50，N70，N90？把组装出的contigs或scaffolds从大到小排列，当其累计长度刚刚超过全部组装序列总长度50%时，最后一个contig或scaffold的大小即为N50的大小，N50对评价组装序列的连续性、完整性有重要意义；N70和N90的计算方法与N50类似，只是百分数变为70%或90%。Q3：如何了解研究物种是否有参考基因组序列？查询网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Conten基因组从头测序细菌基因组注释分析编码基因预测方法基因组注释方法基因组重测序宏基因组学分析细

8、菌基因组注释意义个体功能个体特有自然现象个体特征特有