中国合作猪SLAⅠ类和Ⅱ类分子的克隆及基因结构与多态性分析

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1、甘肃农业大学硕士学位论文中国合作猪SLAⅠ类和Ⅱ类分子的克隆及基因结构与多态性分析姓名：莫斯科申请学位级别：硕士专业：预防兽医学指导教师：景志忠;吴润20090601的内含子1均长于其他内含子，而DQB较为特别，其内含子2较长。5、合作猪SLAI类分子基囚组外显子2和3共有14个新的SNPs位点，其中SLA．2有7个新的SNPs位点主要位于以功能区，SLA．3有7个新的SNPs位点主要位于0【2和0L3功能区。而SLAII类分子基因组外显子2共有3个新的SNPs位点，其中DQB有2个新的SNPs位点主要位于p1区，而DRB仅有1个新的SNPs位点

2、主要位于pl区。而I类分子基冈组的内含子2和3的多态性比较，发现存在单个核苷酸的变异和短片段的缺失。DRA和DQA的内含子1的多态性主要表现也为单个核苷酸的变异和短片段的缺失，但DRB基冈内含子l的多态性主要表现为200多个bp长片段序列的插入和缺失，在DQB的内含子2同样具有连续的10多个核苷酸的插入和缺失现象，且其多次出现。因此，合作猪SLAI类和II类分子的内含子组成具有高度的多态性，并远高于其外显子。6、首次完整地克隆和分析了合作猪和商品化白猪SLAI类(SLA．1、-2和．3)和II类分子基因(DRA、DRB、DQA和DQB)的上游启动

3、子调控区，并与HLAI类和II类分子基因的上游调控区比较，证实其结构类型和排列顺序基本一致。发现SLAI类(SLA．1、．2和．3)基因表达调控有关的调控元件含有SPl、增强子A、干扰素调控因子(IsRE)、W／S盒、x盒、Y盒、CAAT盒和TATA盒，其中CAAT盒高度保守，而其他调控元件均具有多态性：而SLAII类分子基因表达调控有关的元件在基因间则不一致，其中SLA．DRA上游调控区含有部分的Y盒、八聚体复合物和T区等调控冈子，均高度保守，但没有发现CCAAT和TATA等区；SLA．DQA上游调控区含有W盒、核因子'c(NF-r,B)／增强

4、子A、S盒、X盒、Y盒和T盒，仅W盒具有多态性；而SLA．DQB和一DRB基因表达调控有关的调控元件一致，均含有W／S盒、X盒、Y盒、CCAAT和TATA盒，其中仅CCAAT盒高度保守，其他均具有多态性。此外，在各调控元件之间分布着多态性位点。7、SLAI类分子基因启动子区多态性分析发现，与参考序列比较共有23个新的SNPs位点，其中合作猪与商品化白猪SLA．2．URR间有14个，主要位于各调控元件之间；合作猪SLA．3．URR有9个新的SNPs位点和1个缺失位点，主要位于各调控元件之间和增强子A及SPl盒中。在SLAI类分子基因启动子区的23个

5、多态性位点中，合作猪有19个，而商品化白猪仅有4个。SLAII类分子基因启动子区共有13个新的SNPs位点，其中DQA．URR有5个，主要位于W盒和w盒；DRB．URR共有8个，主要位于各调控元件之间。说明合作猪SLAI类、II类分子基冈启动子区具有多态性，且在SLAI类分子高于商品化白猪。8、选择合作猪SLAII类分子的DQA外显子2进行遗传演化关系分析，发现AT含量大于GC含量，核苷酸的非同义置换率高于同义置换率，且ka／Ks

6、ma’SD值为0．54649>o．1(P>0．10)符合中性突变，说明平衡选择对DQA的进化具有重要的意义，基因序列进化方式为平衡选择，而且有一些单倍型的分化。每个位点的核苛酸置换率Pi(冗)和Theta-W的值分别为0．04016和0．03694，且平均碱基配对遗传距离为0．0418士0．008l。总之，对合作猪白细胞抗原的I类和II类分子基因的分析表明：SLAI类和II类分子基因具有丰富的多态性，且具有单倍型的分化，说明合作猪具有独特的基因型，这可能与其长期适应各种恶劣的自然环境和复杂的病原微生物有关。关键词。中国合作猪；SLAI类和II类基

7、因；上游启动子区；多态性XIAbstractMajorhistoeompatibilitycomplex(MHC)antigenwasencodedbyageneclusterthatlinkedwithcertainchromosomeencodingagroupofcellmembranceglycoproteinthatcorrelatedwithimmuneresponse．ItsfunctionWasnotonlyconfinedinrejectionoftransplantationbutalsocorrelatedwithimmun

8、eresponseforintro／extra-antigen．Hezuopigbreedsarespecialandvaluabler