PCR引物流程设计详解

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1、PCR引物设计流程详解本文目的：复制出IL-4基因片段一、查找基因序列1、进入NCBI主页，下拉选框选择Nucleotide，在搜索栏输入要查找的目的基因，即IL-4，点击搜索2、在搜索结果选择灵长类（Homosapiens）2、在灵长类IL-4基因中选择需要的mRNA序列1、查看基因的相关信息外显子区域CDs区域1、点击FASTA格式，并将序列保存到文档一、使用primerpremier5.0设计引物1、建立新文件，将所得的序列复制进输入框内2、点击搜索按钮，搜索引物1、设置引物设计参数（因为在之前查找基因序列的时候获知，外显子区域分别为：1-200、201-248、249-425、42

2、6-618，又知在引物设计时引物位置最好跨越一个内含子，PCR产物长度通常为100-150bp，故设定上游引物位置为201-248，下游引物位置为249-425，产物长度为100-150bp）4、确认条件后，显示搜索结果1、双击选中得分最高的引物查看引物情况（上图为上游引物情况，下图为下游引物情况）1、将设计的上下游引物复制出来，保存到文档中一、使用oligo6.0对设计的引物进行评价1、建立新文件，将从cnki上获得的cDNA复制进输入框，并点击accept接收2、接收后显示出该序列的相关信息1、点击edit按钮录入用primer设计的上游引物，每一次输入新数据后都需要点击accept按

3、钮接收1、同理，录入下游引物2、分析上下游引物二聚体形成情况1、分析上下游引物发卡形成情况1、分析上下游引物GC%1、检测上下游引物与PCR模板其它位置错配情况1、分析PCR整体情况一、引物特异性检验（primerblast）1、进入NCBI主页，并选择blast2、选择primerblast3、在输入框内输入模板序列和上下游引物，并设定对比数据库，点击getprimer进行对比1、查看blast结果Blast结果显示，尽管IL-4与其它基因有相似区，但是引物的3’端没有完全互补。故设计的引物能特异性的扩增出目的基因