生物信息学中译本）

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1、生物信息学（中译本）目录译者序编者序1.因特网与生物学家1.1因特网基础1.2与因特网连接1.3电子邮件1.4文件传输协议1.5GOPHER1.6万维网参考文献2.GenBank序列数据库2.1简介2.2一级和二级数据库2.3格式与内容：计算机与人2.4数据库2.5剖析GenBankFlatfile2.6小结参考文献附录：数据库文件格式附录2.1GenBank(DDBS)记录例子附录2.2一个ASN.1记录例子附录2.3一个EMBL记录例子附录2.4一个GenBank浏览文件3.结构数据库3.1简介3.2PDB：Bro

2、okhaven国家实验室蛋白质数据库3.3MMDB：NCBI的分子建模数据库3.4结构文件格式3.5结构信息显示3.6数据库结构浏览器参考文献专题论文4.应用GCG进行序列分析4.1简介4.2Wisconsin软件包4.3Wisconsin使用的数据库4.4SeqLab环境4.5用操作和Wisconsin程序分析序列4.6观察输出4.7监视程序执行过程并解决问题4.8给序列加注释并在SeqLabEditor中图形化显示注释4.9在SeqLabEditor中保存序列4.10在SeqLab中可以实现的分析实例4.11引入非

3、Wisconsin组件的程序扩展SeqLab参考文献附录5.生物数据库的信息检索5.1检索数据库条目：检索服务器(Retrieve服务器)5.2集成信息检索：ENTREZ系统5.3集成的信息访问：查询服务器5.4NCBI之外的序列数据库5.5医学数据库参考文献6.NCBI数据模型6.1简介6.2出版物6.3SEQIDS：名称中包含了什么？6.4BIOSEQ：生物序列6.5BIOSEQSETS：序列集合6.6Seq-annot:序列的注释属性6.7SEQ-DESCR:序列的描述6.8模型的使用6.9结论参考文献7.序列比

4、对和数据库搜索7.1引言7.2序列比对的进化基础7.3蛋白质的模块性质7.4最佳比对方法7.5取代分和空位处罚7.6比对的统计学显著性7.7数据库中的相似性搜索7.8FASTA7.9BLAST7.10低复杂度区域7.11重复元件7.12小结参考文献8.多序列比对的实际应用8.1渐进比对方法8.2模体和样式8.3演示方法参考文献9.系统发育分析9.1系统发育模型的组成9.2系统发育数据分析：比对，建立取代模型，建立进化树以及进化树评估9.3建立数据模型（比对）9.4决定取代模型9.5建树方法9.6进化树搜索9.7确定树根

5、9.8评估进化树和数据9.9系统发育软件9.10一些简单的实际的考虑9.11第九章所涉及到的因特网资源：致谢参考文献10.利用核酸序列的预测方法10.1框架10.2遮蔽重复序列10.3数据库搜索10.4密码子偏好的检测10.5探查DNA中的功能性位点10.6复合的基因语法分析10.7搜寻tRNA基因10.8未来的展望参考文献11.利用蛋白质序列的预测方法11.1基于组成的蛋白质辨识11.2基于序列的物理性质11.3二级结构和折叠类11.4特殊结构或结构特征11.5三级结构参考文献12.鼠类和人类公用物理图谱数据库的使用

6、12.1物理图谱的类型12.2大型公用数据库中的基因组范围图谱12.3个体来源的基因组范围图谱12.4特定人类染色体图谱12.5鼠类图谱来源参考文献13.ACEDB一个基因组信息的数据库13.1ACEDB的一般特点13.2ACEDB中的序列分析13.3多种分析功能14.提交DNA序列到数据库14.1提交到哪儿？14.2提交什么内容？14.3如何提交到互联网14.4如何用Sequin提交14.5EST/STS/GSS14.6基因组中心14.7更新14.8结论性的评价参考文献附录1词汇表 译者序随着人类基因组计划的实施，通

7、过基因组测序，蛋白质序列测定结构解析等实验，分子生物学家提供了大量的有关生物分子的原始数据，需要利用现代计算技术对这些原始数据进行收集、整理、管理以便于检索使用。而为了解释和理解这些数据，还需要对数据进行比对、分析，建立计算模型，进行仿真、预测与验证，因而出现生物信息学，它的出现，极大的促进了分子生物学的发展。现在人类基因组计划接近完成，人们的注意力已从基因组测序转向对基因组表达的分析，转向对蛋白质组结构与功能的预测。这也是生物信息学面临的主要课题。人们注意到无论是基因的表达还是蛋白质的功能，在很多情况下，都是多个基因

8、、多种蛋白质相互作用的结果，要对它进行分析与预测，必然涉及数学、物理、计算科学、系统科学、控制科学、信息科学与生物学的综合应用，因而生物信息学是一门多学科交叉的学科，它需要多个领域的专家通力合作，不仅如此，由于它涉及面是如此广泛，而难度又是如此之大，它更需要全国、全世界的科学家的通力合作。近年来，由于国际互联网的迅速发展，为这种世