MEGA蛋白序列比对-保守序列分析-进化树

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1、蛋白质序列进化（proteinsequencephylogenetic}，一种用于测定各种生物之间遗传关系的技术。#百度百科#一般通过蛋白质的氨基酸序列进行比对后建树，方法过程如下：首先由NCBI或其他查询基因途径获取要比对的目的蛋白氨基酸序列（网站上有很多此类说明）我的由于序列较多，就先把氨基酸序列复制到文本文件中之后将序列文本文件扩展名改为.fas之后打开MEGA软件进行序列比对，选择Align---Edit/Build/Alignment---Retrievesequencefromafile---选择文件---确定，输出结果默认以最右端蛋氨酸对齐，如图在建

2、树之前序列应该以保守序列比对模式进行，选择Alignment---AlignbyClustalW，以输出以保守序列比对结果，如图保存序列比对文件，默认格式为*.mas格式，并选择phylogeny---construct/TestUPGMATree进行建树，步骤如图选择蛋白序列之后就会输出树，如下之后可以根据不同要求更改树形，选择下图按钮进行输出设置并输出环形树之后可以保存到指定文件，同时也可以将树以pdf格式导出，选择image---Saveaspdffile或者pngfile