第十三章微生物物种的多样性

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1、第十三章微生物物种的多样性生物多样性包括遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性等。它们是由进化而形成的，不仅直接为人类提供了食品、药物、纺织品、燃料、材料等，而且还通过参与物质循环來维持地球上生命所必需的生存环境。因此，保护生物的多样性，就是保护人类自己。微生物多样性是生物多样性的重要组成部分，而且有其独特Z处，起着不可替代的作用。前儿章已对微生物遗传多样性、生态系统多样性等作了阐述。本章将阐明其物种的多样性，简要的介绍原核微生物（真细菌、古生菌）和真核微生物（真菌、粘菌、单细胞藻类、原生动物）的多样性。第一节真细菌的多样性一、真细菌系统发育总

2、观对细菌的系统发育以往的概念是根据类群的表型特征（主要是形态特征和生理生化特征及少量的遗传特征）来判断它们的系统发育和进化途径。而通过细菌16srRA的序列分析已经揭示出，不同细菌本身保守的16SrRNA寡核昔酸序列才是识別系统发育的标记。据此，细菌的系统发育包括12个独特的类群（图13-1）0图13-1细菌的系统发育树类群1.紫色光合细菌及其有关细菌：目前将类群1称为变形细菌（Proteobacterium）o是细菌中包括的属最多而且在生理特性上最具有多样性，由a、B、丫、§、和£5个亚门组成。其中能进行光合作用的紫色细菌包括在a、3和丫3

3、个亚门中，但一些有机化能营养的属，如：埃希氏菌属、假单胞菌属、醋单胞菌属和一些无机化能营养的屈，如：硝化杆菌屈、亚硝化单胞菌屈、贝日阿托氏菌屈等也包括在这3个亚门中。5和£2个亚门只包括非光合作用的细菌。尽管所有的肠道细菌、大多数的假单胞菌、自生和共生固氮细菌以及大多数化能无机营养细菌在形态、生理和生态分布的表型上与紫色细菌有明显的区别，但是，在系统发育上却都与紫色细菌有关。由紫色细菌谱系可以引申出各种各样在生理特性和生态分布上有差异的重要细菌。16srRNA序列分析的结果指明，AAAUUGG序列用以鉴别a亚门的紫色细菌；CYUUACACAUG

4、（Y表示任意一个喀唳）是（3亚门的序列特征；ACUAAAACUCAAAG序列存在于大多数6亚门紫色细菌的16SrRNA屮。目前尚未发现Y和£亚门的特殊特征。类群2.绿硫细菌：由于绿硫细菌具有独特的光合色素（菌绿素c或d）、绿色体（chlorosome）以及英自养代谢，所以绿硫细菌与其它细菌之间缺乏密切的系统发育关系。绿菌屈的所有种均不运动，只有绿色细菌类群屮的绿滑菌属IChloroherpeton）以滑行运动。寡核苜酸AUACAAUG序列是绿色细菌的特征性识别标记。类群3.无硫绿细菌：从生理特性、所含色素和细胞的细微结构上看，绿曲挠菌属｛Chl

5、oroflexu^）与绿菌属关系密切,但在系统发育上无关系。绿屈挠菌群包括两个非光合作用的屈，即滑柱菌属（Herpetosiphori）和高温微菌属（Thermomicrobiuni），它们是细菌屮一个独特和古老的谱系。CCUAAUG寡核苛酸序列为无硫绿细菌提供了一个标记。类群4.蓝细菌：目前对蓝细菌的分类仍注重于形态指标。那些单细胞的蓝细菌在系统发育上则呈多样性。AAUUUUYGG寡核昔酸序列是蓝细菌的识别标记。类群5.浮霉状菌属(Planctomyce◎一小梨形菌属｛PireIla):这个类群包括芽生细菌，在自然界中自由生活时许多种都是以柄

6、或固着器附着在基物表面上。这个类群是与其它细菌十分不同，但又是细菌中一个主要的分支。CUUAUUCG寡核昔酸序列是这个类群成员的识别标记。类群6.螺旋体：螺旋体的主要类群包括自由生活无致病性的螺旋体属^Spirochaeta、寄生并致病的疏螺旋体属(.Borrelia)和密螺旋体属(Treponema),例如：引起人回归热病的回归热疏螺旋体｛Borreliarecurrentis)和引起人性病一梅毒的苍白螺旋体⑺日palliduni)。本群中的钩端螺旋体｛Leptospira)则形成一个独立的分支。根据独特的形态和运动方式螺旋体被归为一群，而且

7、这些特征其实也是系统发育的指征。AAUCUUG是螺旋体一个亚群的高度特异性序列，而UCACACYAYCYG则是大多数螺旋体的特征性序列。类群7.拟杆菌iBncteroide^)-黄杆菌属(Flavobacteriu/n):这个类群的特点是包插许多属的细菌，从而构成革兰氏阴性细菌一个主要的系统发育系。群内的拟杆菌属形成一个亚系；嗜纤维菌属(Cytophaga)和黄杆菌属则形成另一个亚系，两个亚系是相对同源的。在群内存在一个由专性厌氧的拟杆菌属和专性好氧的生泡纤维菌属(Sporocytophaga)组成的混合生理型。UUACAAUG寡核哥酸序列是拟

8、杆菌属的识别标记，而CCCCCACACLG是滑行细菌类群的标记。类群8.衣原体(Chlamydia):该类群只包插专性细胞内寄生的种，其屮有引起性病和