单晶结构解析总结

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1、第五章用SHELXTL程序进行结构分析的方法一、晶体学基本常识介绍单晶单晶的培养晶胞参数七大晶系、14种点阵、32个点群、230个空间群二晶体结构分析的步骤常用的吸收校正方法(P6668)数字吸收校正(numericabsorptioncorrection)基于-扫描的经验吸收校正(empiricalabsorptionbasedon-scans)多次扫描吸收校正(multi-scansabsorptioncorrections)参数：1.(mm1orcm1)线性吸收系数（linearabsorptioncoefficient)为X射线束以x路径通过晶体时被减弱的程

2、度系数。2.Rint由所有等效衍射点的平均差别计算。它反应吸收校正效果的好坏，如果有充足的等效点，进行合适的吸收校正后，应该有Rint5%(P65和P101)Rint越小（如0.05)，表明等效衍射点的强度在实验误差范围内确实相等；相反，如果Rint达到0.1左右，表明等效衍射点的强度其实并不相等，引起的主要原因：衍射数据的精度不好，如数据整体太弱；吸收校正没有做好，导致在不同方向测量的等效衍射数据强度明显不相等；定错晶系注意：在衍射数据还原完成后或结构解析初期，就应该检查Rint的数值，考虑是否需要改善吸收校正和是否定错了晶系和空间群。二、直接法（或重原子法）解析晶体

3、1、XPREP(1)操作.raw和hkl文件，产生ins和.hkl文件，供XS和XL用此处可选择或给出空间群（原则：就高不就低）空间群的对错可借助于platon程序检查、校正几个参数：信噪比I/（运行XPREP和XS时可以看到）诊断指标（Figureofmerit，简称FOM）综合诊断指标(CFOM)（应尽可能小）（运行XPREP时可以看到）RsigmaRsigma=[(Fo2)]/[Fo2]/为衍射数据的背景强度(Fo2)之和与峰强度值之和的比值。它是衍射数据整体质量的一种反映。如果Rsigma大于0.1，则可能是数据太弱，也可能是衍射数据的处理有错。改善方法：选

4、用质量好、较大的晶体重新收集衍射数据。(2)正确给出化合物分子式或元素类型(3)给出文件名2、SHELXS（或XS）解初模型操作XPREP产生的.ins和.hkl文件产生.res（结果文件）和.lst文件（记录精修过程）注意：直接法和重原子法之间的切换XP（投原子）(1)读取XS和XL的结果.res文件，观看fourier图形，重新命名原子，重写供进一步精修XL操作的ins文件。(2)看图、画图4、XL（各向同性修正）（或差值F峰合成）；(1)计算更新后的.ins文件或前边XL精修的结果，产生新的.res（结果文件）和.lst文件（记录精修过程）(2)精修的参数a原子坐标（g

5、eneralpositionsb原子的位移参数(atomicdisplacementparameters)c一个总标度因子一个将实验中获得的衍射强度数据校正为理论计算得到的F（000）一致的比例参数d其它可能参加的精修参数无序结构中的占有率、消光效应参数、Flack参数等H原子一般不参与精修，在结构精修中，往往被挷在与它键合的原子（母原子）上，赋于是母原子1.2~1.5倍的各向同性原子位移参数INS文件的建立和更新结构解析和精修的过程，是ins文件建立和不断更新的过程，这主要是下列过程实现的：xprep、xshell—refine、xl、xp、edit、copy参数R1残差

6、因子衡量结构模型与真实结构的差异wR或wR2加权重的残差因子（计算方法的差异）数据好的结构，一般可以可以精修到wR2<0.15，而wR和R1值小于0.05。通常，R值越小，说明晶体结构正确，衍射数据质量高。拟合度S(goodness-of-fit-on)，也叫GOOF值基于Fo2精修时，如果权重方案合适、结构正确，S值应该接近于1.0，如果S值超出1.0±0.2，可以采用更加合理的权重方案加以改善。在数据还原与结构精候选过程中两个重要的R因子：Rint和Rsigma引起Rint偏大的原因有：数据精度不好；吸收校正没做好；定错晶系Rint0.1，所谓等效衍射点就不等效，重新做

7、吸收校正或重新收录等效衍射点在衍射强度数据中是重要的，不是多余的！Rsigma偏大（大于0.1），可能是数据太弱；也可能是数据处理有错ins文件中经常用到的命令OMIT在XS或XL计算过程中，忽略所指定的在一定角度范围、信／噪比、或特定衍射指标的衍射点，如OMIT50将忽略θ>25º的所有衍射点，OMIT123将忽略衍射指标为１２３的衍射点ESEL设置用于直接法计算的最小E值。缺省值为1.2。假如直接法解不出合理的模型，可以尝试ESEL0.9或ESEL1.0,通过减低E值的下限，