蛋白-蛋白对接教程(ICM-Docking).pdf

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1、ICM-Pro进行蛋白-蛋白对接研究前言本实验以枯草杆菌蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的复合物晶体结构（PDBcode：2sni）为例，将其中的配体分子（PDBcode：2ci2）对接到受体分子（PDBcode：2st1）中，比较对接构象与复合物晶体结构中配体的位置和构象，熟悉蛋白-蛋白对接操作流程。一、准备工作1.打开ICM-Pro软件2.File>>open读入2ci2.pdb（配体分子），2st1.pdb（受体分子）和2sni.pdb（复合物，用作对照）的晶体结构，进行观察分析。（或直接搜索）3.观察完成后，在相应的分子点击鼠标右键选择ConvertPDB

2、，将这三个PDB分子都转换为ICM-pro软件默认格式（ICMobjects），点击OK。4.单击菜单栏Docking>>Protein-protein>>LegacyProtocol>>SetProject，输入Project的名称（eg.DOCK1），给此次对接工作命名。二、蛋白-蛋白中受体设置1.菜单栏Docking>>Protein-protein>>LegacyProtocol>>Receptorsetup，输入Project名称DOCK1，指定受体分子a_2st1.m（如果想包含所有的分子如钙离子等，也可以选择a_2st1.*），点击OK。

3、三、蛋白-蛋白中配体设置1.菜单栏Docking>>Protein-protein>>LegacyProtocol>>Ligandsetup，输入Project名称DOCK1，指定配体分子（eg.a_2ci2.i），点击OK。四、蛋白表位选择（此步操作非必需，视具体情况选择）蛋白-蛋白可能的结合位点可通过查阅实验数据、参考复合物晶体结构信息或软件预测得到，然后在受体上选择感兴趣的点作为对接起始点，以缩小对接时结合位点的搜索范围。（此操作非必需，视具体情况而定。可直接跳到下一步操作MakeMapsSelection）1.蛋白表位选择Docking>>Pr

4、otein-protein>>LegacyProtocol>>Epitopeselection2.依次点击感兴趣的结合点（选中时小球颜色由紫色变为黄色），确认后点击Apply。3.表位选择完成后，在终端点击quit，退出操作。五、蛋白-蛋白生成受体位图1.寻找蛋白-蛋白可能的结合位点，定义格点搜索范围。Docking>>Protein-protein>>LegacyProtocol>>MakeReceptorMaps2.输入project名称DOCK1。3.键入格点范围，默认值0.5。4.输入最大范德瓦尔斯值，默认值1.0。六、蛋白-蛋白对接（在本机下

5、运行作业）1.对接参数设置完成后，提交作业。Docking>>Protein-protein>>LegacyProtocol>>DockingBatch>>LocalMachine2.输入project名称DOCK1；3.指定配体初始位置：0表示搜索受体表位上的所有位置；4.输入构象集名称DOCK1_gd；七、对接结果分析对接完成后，会自动生成如下表格。里面保存了配体对接后输出的全部构象以及打分详情：1.打开表单，左键单击Energy（ener）栏对得到的分子构象进行排序；2.在表单中，单击任意一行，在工作区域显示配体的对接构象，观察蛋白-蛋白间结合模

6、式；3.检查RMSD栏的值，比较对接前后构象、位置差异；表征函数：i:输出的分子构象编号；ener：分子对接构象的能量值；rmsd：对接前后分子构象的距离v1tov6：定义配体分子位置和旋转的虚拟变量ey_gh：范德瓦尔斯格点能—H探针；ey_gc：范德瓦尔斯格点能—C探针；ey_gb：氢键格点能；ey_ge：静电格点能；hydrophobicpotential：疏水性能eysfPola：溶剂化能中的极性项Ey_sfAl：溶剂化能中的脂肪族项Ey_sfAr：溶剂化能中的芳香环项Ey_compSol：溶剂化能的权重打分制对接完成后，结果保存:File>>

7、SaveProject。关闭软件后，如果想要再次查看对接结果，可File>>Open。