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1、第27卷第4期中国野生植物资源Vo.l27No.42008年8月ChineseWildPlantResourcesAug.2008居群遗传分析软件)))GENALEX6简介李欣(西北大学生命科学学院,陕西西安710069)摘要GENALEX软件是一种在MicrosoftExcel程序中运行的跨操作系统平台的居群遗传分析软件包,它可以对共显性数据、单倍体数据和二元数据进行分析。GENALEX还提供了一系列基于频率的分析。例如,GENALEX可进行F统计检验、Nei.s遗传距离和地理距离的同一性检验以及偏
2、性分布的检验。基于距离的计算如AMOVA分析、相关性PCA分析、Mantel检验、居群遗传变异的空间自相关分析和TWOGENER分析也能够在GENALEX中实现。该软件包还提供了20多种不同的图表总结数据已经辅助检测。除此之外,序列信息和基因型数据可以方便地在相关软件中转化格式。最初以辅助教学为目的设计的GENALEX软件现在也为研究人员提供了可以应用的功能。关键词居群遗传学;统计分析;软件中图分类号:Q347文献标识码:A文章编号:1006-9690(2008)04-0059-04Introduct
3、iontoAPopulationGeneticSoftware)))GENALEX6LiXin(CollegeofLifeSciences,NorthwestUniversity,Xi.an710069,China)AbstractGENALEXisauser-friendlycross-platformpackagethatrunswithinMicrosoftExce,lena-blingpopulationgeneticanalysesofcodominan,thaploidandbinaryd
4、ata.Allelefrequency-basedana-lysesincludeheterozygosity,Fstatistics,Nei.sgeneticdistance,populationassignmen,tprobabilitiesofidentityandpairwiserelatedness.Distance-basedcalculationsincludeAMOVA,principalcomponentsanalysis(PCA),Manteltests,multivariatea
5、nd2DspatialautocorrelationandTWOGENER.Morethan20differentgraphssummarizedataandaidexploration.Sequenceandgenotypedatacanbeimportedfromautomatedsequencers,andexportedtoothersoftware.Initiallydesignedastoolforteaching,GE-NALEX6nowoffersfeaturesforresearch
6、ersaswel.lKeywordspopulationgenetics;statisticsanalysis;softwareGENALEX是/GeneticAnalysisinExcel0的英文用了Excel中强大的格式和图像功能,它可以为总缩写,此软件由澳大利亚国立大学的研究人员开发结遗传分析结果提供超过20种不同的图像,而且所的,可用于跨操作系统平台的居群遗传分析软件包,有这些图像都可以进一步通过标准的Excel选项被它既可以在Windows操作系统中的MicrosoftExcel绘制成符合发
7、表要求的图像。中运行,也可在Macintosh操作系统中运行。ExcelGENALEX最初是作为在研究生阶段的居群遗被广泛应用于遗传数据的统计和分析,而GENA-传学分析辅助教学工具被开发出来的,自从2001年LEX正是在这一程序中运行的。GENALEX充分运研发出来至今,GENALEX已经在澳大利亚、北美、南美以及欧洲被高校老师广泛地应用于本科和研究收稿日期:2008-02-05生阶段的教学科研中。现在有越来越多的科研工作作者简介:李欣(1982-),女,在读硕士研究生,从事系统者开始应用GENAL
8、EX的特有功能。在本文中,我与进化植物学研究。E-mai:lfrances_2004@们介绍了GENALEX6的一些主要特点,相信对这126.com)59)中国野生植物资源第27卷些特点的了解将有助于教师和科研工作者的教学和力的教学辅助手段,但是它不能代替教师的作用。科研工作。尽管自从第一代GENALEX被开发以来,出现了大批界面友好的用于居群遗传分析的软件包,但1GENALEX软件概况是GENALEX软件在教学方面仍旧表现出它独特的GENALEX软件包
