大豆高密度SNP标记遗传图谱构建方法的比较-论文.pdf

《大豆高密度SNP标记遗传图谱构建方法的比较-论文.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、Vo1．47No．6第47卷第6期河南农业大学学报JournalofHenanAgriculturalUniversityDec．2O132013年12月文章编号：1000—2340(2013)06—0671—06大_昱_·_一．局__-_-。密度SNP标记遗传图谱构建方法的比较谭瑞娟一，文自翔，顾翠华，王德春，宋启建。，PERRYCregan，邢小萍，李洪连(1．河南农业大学植物保护学院，河南郑州450002；2．密歇根州立大学植物土壤微生物系，密歇根东兰辛48824；3．美国农业部农业研究服务中心，马里兰贝尔茨维尔20705)

2、摘要：以对大豆猝死病抗性不同的大豆品系U01—390489×E07080所衍生的F4：5代96个家系的C2连锁群上50个多态性SNP标记位点为基础数据，对比分析了利用Joinmap4．0及Ieimapping2个软件不同计算方法所构建的遗传图谱的异同及优劣．结果表明，lcimapping构建的图谱长度较Joinmap4．0所建图谱短，Ieimapping包含的几种算法构建的图谱长度相近，Joinmap中Regression的计算方法所构建的遗传图谱与soybase上的一致图谱长度最为接近，MaximumLikelihood算法得出

3、的图谱长度与FixedOrder算法图谱长度相近．Icimapping的构建的图谱中，较多的标记聚集于同一位点，其中的几种算法相近．Joinmap中regression算法的图谱结果乱序标记较多，MaximumLikelih0od构建的图谱乱序标记较少，与FixedOrder的结果更为接近．研究结果表明，Joinmap的Maxi—mumLikelihood算法更适合于高密度的SNP标记的图谱构建．关键词：大豆；单核苷酸多态性；大豆遗传连锁图谱；算法中图分类号：$565．1文献标志码：AComparisonofdiferentmet

4、hodsforsoybeangeneticlinkagemapconstructionbasedonhigh-densitySNPsTANRui．juan'，WENZi．xiang，GUCui—hua，WANGDe．chun，SONGQi-jian。，CREGANPerry，XINGXiao．ping，LIHong-lian(1．CollegeofPlantProtection，HenanAgriculturalUniversity，Zhengzhou450002，China；2．DepartmentofPlant，Soiland

5、MicrobialSciences，MichiganStateUniversity，EastLansing48824，USA；3．USDA—ARS，Behsville20705，USA)Abstract：Inthisstudy，theSNPgenotypesof96F45progenylinesfromthecrossU01—390489(SUS。ceptibleparent)xE07080(partiallyresistantparent)wasemployedtoconstructthegeneticmapu‘singdiff

6、erentsoftwareandalgorithms，andtheirdifferencesandpro—conswerecomparedandanalyzed．Theresultsshow(1)maplength：thegeneticmapconstructedbyIcimappingwasshorterthanthatbyJoinmap，andtherewasnoobviousdiferenceamongtheresultsofthefouralgorithmsavailableinIci-mapping．WithJoinma

7、p，themaplengthcalculatedwiththeRegressionalgorithmwasclosetothemaplengthoftheconsensusmapfromSoybase，andthemaplengthcalculatedwiththeMaximumLikeli—hoodalgorithmwassimilartotheFixedOrderresults．(2)Co-localizedSNPs：onthemapconstructedwithIcimapping，manySNPsweremappedatt

8、hesameposition，andtheresultscalculatedwiththefouralgorithmsweresimilar．(3)Maporder：thereweremanyinconsistentmaporderswhenthe