一个毛竹典型LTR转座子的克隆、鉴定及进化分析-论文.pdf

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1、第33卷第3期竹子研究汇刊V01．33．No．32014年8月JOURNALOFBAMBOORESEARCHAug．，2014一个毛竹典型LTR转座子的克隆、鉴定及进化分析周敏，汤定钦，周明兵(浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地，浙江临安311300)摘要LTR反转录转座子普遍存在于植物界中。为了进一步了解LTR反转录转座子及探索毛竹中存在的可能具有潜在活性的LTR反转录转座子，研究借助毛竹基因组草图数据库，通过LTR．structure软件分析得到一个典型LTR反转录转座子Ph—LTR1，并对其进行鉴定及插入时间的估算，

2、结果表明．LTR1属于Ty3-gypsy类反转录转座子，其两端长末端重复序列同源性高达98．78％，插入时间约为47．9万年，是一个自身具备转座条件的年轻反转录转座子，并且极有可能具有潜在活性。采用同源性搜索方法搜索到52条Ph—LTR1家族元件，并对这些元件结构及其所在基因组的位置进行分析，结果表明Ph—LTR1家族元件中存在大量缺失的元件，且Ph—LTR1家族元件偏向分布于远离基因的区域。研究结果为后续具有潜在活性的LTR反转录转座子转化拟南芥实验奠定了基础，Ph．LTR1家族元件结构及进化分析促进了对于LTR反转录转座子在基因组进

3、化角色的认识与理解。关键词毛竹；LTR反转录转座子；Ph—LTR1；活性；进化Cloning，CharacterizationandPhylogeneticAnalysisofaTypicalLongTerminalRepeatRetr0transp0s0ninPhyllostachysheterocyclaCV．pubescensZHOUMin，TANGDing-qin，ZHOUMing—bing(TheNurturingStationoftheStateKeyLaboratoryofSubtropicalSilviculture，Z

4、hejiangA＆FUniversity，Linan311300，Zhejiang，China)AbstractLTRRetro—transposonswerewidelydistributedinplant．InordertofurtherunderstandLTRRetro--transposonsandexploreLTRretro·-transposonswithpotentialactivityinPhyUostachysheterocyclacv．pubescens，atypicallongterminalrepeatret

5、ro·transposonnamedPh-LTR1fromPhyllostachysheterocycladraftgenomedatabasehasbeenidentifiedbyusingLTR—structuresoftware．StructureanalysisshowedthatPh·LTR1belongedtoTy3一gypsyretro—transposon．ThehomologyofthelongterminalrepeatofPhLTRamountedto98．78％anditsinsertiontimewas0．47

6、9millionyears．Ph—LTR1wasayoungandpotentiallyactivetransposonwhichhadallindispensablecomponentfortransposition．Basedontheseresults．52Ph—LTR1familyelementsinthegenomedatabasewereextractedusingblastmethod，thenstructureandlocationof52Ph—LTR1familyelementswereanalyzed．Mostoft

7、he52elementswerethedeletionsequencesofPh·LTR1．TheelementsinPh—LTR1familywerepronetodistributeinthedistalregionofgene．ThismayprovideabasisforfurtherinvestigationoftranspositionactivitiesofPh-LTR1andbetterunderstandingtheroleofLTRRetro·transposonsontheevolutionofMosobamboo

8、genome．收稿日期：2013—12-23基金项目：国家自然科学基金(31270645，31070590)；浙江省自然科学基金杰青项目(LR12C16001)作者简介：周敏(1988一)，女，硕士研究生，