转录组测序深度对表达基因检出及表达量估计的影响-论文.pdf

《转录组测序深度对表达基因检出及表达量估计的影响-论文.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、云南农业大学学报JournalofYunnanAculturalUniversity，2014，29(5)：642—647http：／／xb．ynau．edu．cnISSN1004—390X；CODENYNDXAXE-mail：xb@ynau．edu．cnDOI：10．3969／j．issn．1004—390X(n)．2014．05．004转录组测序深度对表达基因检出及表达量估计的影响术高原，王翌霞，张亮，窦同海，周雁(1．复旦大学生命科学学院微生物学与微生物工程系，上海200433；2．上海人类基因组研究中心，上海市疾病与

2、健康基因组学重点实验室，上海201203)摘要：基于第二代测序技术的转录组测序(RNA—seq)是目前基因表达分析的重要手段，其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响，进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考，本研究采用Hiseq2000高通量测序平台完成小鼠大脑转录组的深度测序，共产出38M有效reads。从中随机抽取总量的25％，50％，75％和全部数据模拟建成4个不同测序深度的文库，并以相对表达量RPKM值的高低将表达基因划分为5组，比较分析不同测序深度下

3、不同组别检出表达基因个数以及基因相对表达量(RPKM)的变化。结果表明，9．5Mreads的测序深度中可检出81．55％的总编码基因，而随测序深度增加新检出表达基因的数量逐步减少。基因表达量的分析中，中高表达量基因RPKM[30，+。。)、偏低表达基因RPKM[3，30)和低表达基因RPKM[1，3)的相对表达量分别在9．5M，19M和28．5M有效reads的测序深度以上的文库中趋于稳定。由此可知，研究中高表达基因时，可参考的转录组测序量为9．5M有效reads以上，而研究低表达基因时，测序量需为19M有效reads或更高

4、。关键词：高通量测序技术；RNA—seq；测序深度；基因检出个数；基因表达量中图分类号：Q786文献标志码：A文章编号：1004—390X(20l4)05—0642—06ImpactofSequenceDepthtoNumberofDetectedGeneandExpressionValueinRNASeqGAOYuan，WANGYixia，ZHANGLiang，DOUTonghai，ZHOUYah(1．FudanUniversity，LifeScienceCollege，MicrobiologyandMicrobiolog

5、yEngineering，Shanghai200433，China；2．Shanghai—MOSTKeyLaboratoryofHealthandDiseaseGenomics，ChineseNationalHumanGenomeCenteratShanghai，Shanghai201203，China)Abstract：Basedonnextgenerationsequencingtechnology，RNA—seqhasbecomeanimportantmeth—odofgeneexpressionanalysis．Wh

6、ilethenumberofdetectedgenesandtheaccuracyofgeneexpres—sionlevelisdirectlyaffectedbysequencingdepth．ToexaminetheinfluenceofdifferentsequencingdepthsofRNA—seqanalysis，mousebraintranscriptomelibrarywassequencedbyHiseq2000platform，whichgenerated38Mqualifiedreads．Andthe

7、nrandomlydown—sampledtheRNA—seqreadstogener—ate25％，50％and75％readstoconstitutefourdifferentsequencingcapacitylibrarieswiththewholesequencinglibrary．Detectedgenesweregroupedto5groupsintermoftheirrelativeexpressionvalue(RPKM)．Comparativeanalysiswasperformedontheamount

8、ofdetectedgeneanddifferenceofgeneexpressionvalue(RPKM)amongdifferentgroups．Theresultshowed88．55％oftotalcodinggenes收稿日期：2014—06—08修回日期：2014—06—19网