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《Icimapping 连锁图中文操作说明.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在应用文档-天天文库。
1、请注意:开始之前,请确认您的计算机已安装了QTLIciMapping集成软件!遗传连锁图谱构建(MAP)1.打开软件:QTLIciMapping软件可通过两种方式打开•双击QTLIciMapping软件在桌面上的快捷图标•从”所有程序”菜单中选择QTLIciMapping软件2.软件浏览.单击StartPage中的”左箭头”或”右箭头”,可以看到:•软件所能处理的遗传群体类型•共显性标记是如何编码的•显性标记是如何编码的•隐性标记是如何编码的遗传连锁图谱构建3.建立一个”新工程”•单击”File”菜单•选择”
2、NewProject”•输入”工程名称”(例如,图示中的工程名称为Tutorial)和选择路径(例如,图示中的路径为D:)•单击”OK”完成”新工程”创建新建工程显示在”工程窗口”中所有与此工程相关的各种输入/输出,按特定的组织形式自动保存在路径”D:Tutorial...”下的各种文件夹中遗传连锁图谱构建4.向新建工程中导入遗传群体•单击”File”菜单,然后选择File->OpenFile->*.map•或者单击”Open”,然后选择*.map(Linkagemapconstruction)文件类型
3、•在文件列表中选择要打开的群体(例如:“C:CAASQTLIciMappingExamplesMAPArabidopsisRIL.map”)•单击”打开(O)”完成由此选择打开EXCEL2003/2007文件遗传连锁图谱构建5.MAP功能浏览:MAP功能把窗口分为4部分•工程窗口•标记整理信息和结果展示窗口•锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口•参数选择/设置窗口工程窗口标记整理信息和锚定信息/结果展示窗口分组信息/染色体信息展示窗口参数选择/设置窗口遗传连锁图谱构建6.标记分群•单击Groupi
4、ng下的箭头,软件将利用默认/设定参数对标记进行分群,例如图例中,按LOD临界值3.00的标准分群7.标记排序•单击Ordering下的箭头,软件将利用默认/设定参数对标记进行排序,例如图例中,利用nnTwoOpt算法排序遗传连锁图谱构建8.标记排序调整(此选项可跳过,调整的目的是获得更短的图谱)•单击Rippling下的箭头,软件将利用默认/设定参数对标记顺序进行调整,例如图例中,利用SARF做标准,窗口大小为5这个图标只有在执行“Outputting”后才可用9.结果输出•单击Outputting下的箭头
5、,软件将输出作图结果,例如图例中,输出成对标记间的LOD值,重组率,图距,以及QTL分析中用到的输入文件遗传连锁图谱构建10.绘制连锁图谱•单击”MAP”图标•或者从”Figures”菜单中选择”LinkageMap”•通过参数设置改变连锁图谱的格式遗传连锁图谱构建10.绘制连锁图谱(续)•在图形区域右击鼠标弹出快捷菜单，通过快捷菜单改变图形的格式•在作图区域右击鼠标,以复制/打印/保存连锁图谱•连锁图谱可以保存成多种文件格式遗传连锁图谱构建11.在”结果展示窗口”中浏览结果文件•在”工程窗口”的文件列表中,
6、双击待浏览的结果文件,这个结果文件将显示在”结果浏览窗口”,图例中,打开/显示的文件是”Aradbidopsis.sum”•所有输出结果文件保存在”D:TutorialMAPArabidopsisResults...”中•“Tutorial”是工程的名称•“MAP”指示软件的功能.目前有7大功能•“ArabidopsisRIL”是导入遗传群体文件的前缀•“Results”是保存结果文件夹的名称遗传连锁图谱构建12.高级用户–锚定信息的管理•清空作图结果:鼠标指向遗传群体文件名称”Arabidopsi
7、s.map”,然后右击,从弹出的快捷菜单中,选择”ClearResults”,然后在弹出的对话框中选择”OK”•建立新的锚定信息群:鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”,然后右击,从弹出的快捷菜单中,选择”NewAnchor”.锚定信息群“Anchor1[0]”出现在这个窗口内.•向锚定信息群中添加标记(例如”SNP71”和”SNP251”):鼠标指向待添加标记”SNP71”,然后右击,从弹出的快捷菜单中,选择”Anchorto->Anchor1”将”SNP71”添加到Anchor1中;对”SN
8、P251”重复上述过程.遗传连锁图谱构建13.高级用户–分组标记信息的管理•建立新的标记群:鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”,然后右击,从弹出的快捷菜单中,选择”NewGroup”.一个新群”Group5[0]”出现在这个窗口内.•向新建标记群中添加标记(例如”Group4”中的”F6L9.78”和”SNP53”):鼠标指向待移动标记”F6L9.78”,然后右击,从弹出的快捷菜单中
