微卫星分析讲解课件.ppt

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1、微卫星分析(Microsatelliteanalysis)北京阅微基因技术有限公司主要内容★背景★我们提供的服务★实验报告主要内容及送样要求★应用★常见的问题微卫星（Microsatellite）背景介绍微卫星标记（microsatellite），又称为短串联重复序列(simpletandemrepeats，STRs)或简单重复序列（simplesequencerepeats，SSR），是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2～6个核苷酸的串联重复片段构成。2核苷酸重复4种类型(AT)n/(TA)n、(AG)n/(TC)n、

2、(AC)n/(GT)n、(GC)n/(CG)n。3核苷酸重复有10种类型。每个微卫星DNA都由核心序列和侧翼序列组成，其核心序列呈串联重复排列，侧翼序列位于核心序列的两端，为保守的特异单拷贝序列。PCR扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，如放射性同位素、银染、荧光标记。微卫星存在于大多数生物的基因组中，被广泛的应用于遗传杂交育种、人群进行个体识别和绘制染色体遗传图谱等领域。具有检测方便、多态性高、共显性遗传、符合孟德尔遗传定律、重复性好等优点。我们提供的服务一、微卫星全套二、引物开发三、直接上机检测一、微卫星全套1、基因组DNA提

3、取；2、引物设计合成；3、PCR扩增（单重、多重）；4、毛细管电泳检测（单色、多色）；5、Genemapper分析处理数据；6、重检峰低、峰型不确定的样本；7、整理数据出检测报告。1、基因组DNA提取从新鲜组织、血液、细胞、细菌、昆虫等多种材料中提取基因组DNA，不同种类的材料中提取的基因座DNA量不同，而且差异也比较大。细菌、细胞样品需要新鲜培养；动植物组织等样品取样后需液氮速冻；昆虫需要活的成虫或者酒精浸泡；用于提取基因组DNA的血液样品在4℃下可保存一周，—20℃下可保存1个月；实验样品最好使用干冰运输。2、引物设计合成及筛选

4、荧光引物标记：选取一对引物中的一条，合成寡核苷酸链后在5’端合成上荧光素，FAM、HEX、TMR、ROX标准组合；设计与合成：荧光引物的标记效率和纯度对后期试验至关重要，我们按照法医身份鉴定试剂盒和基因诊断领域的标准来制备荧光引物；筛选：我们利用M13（荧光/通用引物，18bp，在5’端添加荧光标记，将M13互补序列添加到一条普通引物的5’）加尾法提供筛选服务TGTAAAACGACGGCCAGT-FAM/HEX微卫星扩增引物的来源：直接应用已发表的微卫星DNA引物使用近缘物种的引物通过筛选DNA序列数据库，或筛选克隆文库的简单重复序

5、列，借助计算机软件进行引物设计构建基因组文库，再根据微卫星位点侧翼序列来设计引物——最好最根本的方法（引物开发）3、PCR扩增（单重、多重）4、毛细管电泳检测及分析二、引物开发相关文献近源种的引物数据库搜寻法（GenBank、EMBLheDDBJ等）根据所研究类群的基因文库中筛选（目前常用的是磁珠富集法）——4种重复序列(AC)n、(AG)n、(AGC)n、(4)n很多物种没有完成全基因组测序，进行SSR/STR研究的时候需要开发引物。已知序列：先用SSRhunter扫描SSR位点，再根据得到的序列设计引物进行后续实验。未知序列：先

6、磁珠富集建立文库，测序，得到SSR位点，再根据得到的序列设计引物进行后续实验。实验报告主要内容文字性实验报告：包含实验试剂耗材、步骤、实验条件、体系、引物序列、统计结果等；各位点筛选多态性的PDF图；测序原始数据（序列和峰图均去掉载体序列）；PDF图及对应的excel表（微卫星分析）；原始数据：fsa格式文件。需要客户提供的信息及送样要求样本数量编号及其相对应的胶图；荧光染料颜色、片段的大小；物种，几倍体；研究的目的等信息；微卫星分析的应用主要应用于：遗传学基因组学例如：建立遗传连锁图谱、者物种居群多样性的研究、亲子鉴定、细胞鉴定等

7、内容。微卫星标记分析常见问题分析根据客户提供的信息，物种，几倍体，荧光染料颜色、片段的大小，研究的目的等信息，才可能对及其进行简单的判断。拉起峰、影子带、染料峰、加A不完全的峰判断。微卫星分析中常见的问题1、不同样本相同位点（前3个是M13加尾，第4个是直接荧光）扩增检测分析结果：微卫星分析中常见的问题2、染料峰：微卫星分析中常见的问题3、非特异扩增（人的样本）：微卫星分析中常见的问题4、加A不完全：谢谢！