HyperChem应用-水分子轨道计算.doc

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1、HyperChem应用水分子轨道计算构造水分子1.在Display菜单，确保ShowHydrogens打开，Rendering对话框Sticks栏中的Perspective关闭。2.关闭DefaultElement对话框中的ExplicitHydrogens，设置缺省元素为O。3.在工作区画一个氧原子。4.双击Selection激活ModelBuilder。它自动为氧原子添加氢原子。5.设置Label添加元素符号。结果是这样：∣H∣∣∣O╲╲╲H键角是109度。结构校准1.在Edit菜单选择AlignMolecules。2.在Align对话框选择Secondary，With对话框选择YAxi

2、s。3.关闭MinorAxis。4.选择OK。得到这样的水分子：HH╲╱╲╱╲╱╲╱O5.把这个结构保存为h2o.hin。显示原子电荷1.打开Labels对话框。2.把Charge作为Atom的选项，单击OK。计算波函1.在Setup菜单选择Semi-empirical。2.选择CNDO方法。选择Options。当然也可以选择其他方法。3.在Semi-empirical的Options的对话框中使用下面的值：Totalcharge:0,Spinmultiplicity:1,SpinPairing:RHF,State:Lowest,Convergencelimit:0.0001,Iterati

3、onlimit:50,Accelerateconvergence:NO。这意味着两次叠代计算的值的差小于0.0001kcal/mol，叠代次数已经达到了最大的次数50次。4.选择OK回到工作区。5.选择Compute菜单中的SinglePoint。结果：能量，梯度，和原子电荷如图所示：0.1450.145╲╱╲╱╲╱╲╱-0.290窗口左下角：Energy=-320.414117,Gradient=124.385845,Symmetry=C2V(结果可能会有略微差别。)画电势1.取消labels显示。2.从Compute菜单选择PlotMolecularProperties，打开PlotMo

4、lecularPropertiesOptions对话框。3.选择ElectrostaticPotentia和2DContours。4.单击ContourGrid标签显示栅格。5.设置Horizontalgridpoints为60。6.设置Verticalgridpoints为60。7.设置Contourlevels为30。8.设置PlaneOffset为0.5埃。9.选择OK开始计算。10.一会儿，将会显示静电电位。11.重新打开PlotMolecularPropertiesOptions对话框指定3DIsosurface取代2DContours。12.单击IsosurfaceRenderi

5、ng标签显示IsosurfaceRendering属性菜单。在Electrostaticpotentialcontourvalue文本框中指定值为0.1，选择Rendering类型为Shadedsurface。13.单击IsosurfaceGrid标签显示IsosurfaceGrid属性菜单。设置为Mediumgrid。14.单击OK开始计算。15.重新打开PlotMolecularPropertiesOptions对话框指定3DMappedIsosurface。16.单击IsosurfaceRendering标签。在文本框指定Totalchargedensitycontourvalue为0

6、.135，选择Gouraudshadedsurface作为Rendering类型。17.单击MappedFunction标签。指定Minimum值为-1.0，Maximum值为1.0，并保证DisplayRangeLegend选项打开。18.单击OK开始计算。画总电荷密度由于HyperChem中的半经验方法不包括内层电子，显示的电荷密度是价电荷密度。画总电荷密度：1.打开PlotMolecularProperties对话框。2.选择TotalChargeDensity类型，选择2DContours，单击OK关闭这个对话框。总电荷密度也可以显示为3DSurface，但不能用Mapped3DSu

7、rface。