五种短体线虫 DNA 条形码鉴定方法-论文.pdf

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1、华北农学报·２０１３，２８（６）：１３６-１３９五种短体线虫DNA条形码鉴定方法１１，２３１１１２魏亚东，容万韬，赵立荣，王金成，黄国明，郭京泽，孙建华（１．天津出入境检验检疫局动植物与食品检测中心，天津３００４６１；２．天津师范大学，天津３００３８７；３．广东出入境检验检疫局，广东广州５１０６２３）摘要：以穿刺短体线虫、咖啡短体线虫、伤残短体线虫、斯克里布纳短体线虫和落选短体线虫５种短体线虫的１８个种群为试验材料，将其测序获得的ＩＴＳ序列与ＧｅｎＢａｎｋ中已提交的短体线虫序列进行了Ｂｌａｓｔ比对和系统发育分析，以验证核糖体ＩＴＳ序列作为ＤＮＡ条

2、形码的可行性。结果显示，核糖体ＩＴＳ序列作为ＤＮＡ条形码可以很好的用于鉴别以上５种短体线虫。关键词：短体线虫；ＩＴＳ；系统发育；ＤＮＡ条形码中图分类号：Ｓ４３３．８９文献标识码：Ａ文章编号：１０００－７０９１（２０１３）０６－０１３６－０４Identificationof5PratylenchusSpeciesUtilizingDNABarcodingMethod１１，２３１ＷＥＩＹａ-ｄｏｎｇ，ＲＯＮＧＷａｎ-ｔａｏ，ＺＨＡＯＬｉ-ｒｏｎｇ，ＷＡＮＧＪｉｎ-ｃｈｅｎｇ，１１２ＨＵＡＮＧＧｕｏ-ｍｉｎｇ，ＧＵＯＪｉｎｇ-ｚｅ，ＳＵＮＪｉａｎ-ｈｕ

3、ａ（１．ＡｎｉｍａｌＰｌａｎｔａｎｄＦｏｏｄＳｔｕｆｆｓＩｎｓｐｅｃｔｉｏｎＣｅｎｔｅｒ，ＴｉａｎｊｉｎＥｎｔｒｙ-ＥｘｉｔＩｎｓｐｅｃｔｉｏｎａｎｄＱｕａｒａｎｔｉｎｅＢｕｒｅａｕ，Ｔｉａｎｊｉｎ３００４６１，Ｃｈｉｎａ；２．ＴｉａｎｊｉｎＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｔｉａｎｊｉｎ３００３８７，Ｃｈｉｎａ；３．ＧｕａｎｇｄｏｎｇＥｎｔｒｙ-ＥｘｉｔＩｎｓｐｅｃｔｉｏｎａｎｄＱｕａｒａｎｔｉｎｅＢｕｒｅａｕ，Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ５１０６２３，Ｃｈｉｎａ）Abstract：Ｔｈｅｒｏｏｔｌｅｓｉｏｎｎｅｍａｔｏｄｅｓ，PratylenchusＦ

4、ｌｉｐｊｅｖ，１９３６，ａｒｅａｍｏｎｇｔｈｅｗｉｄｅｓｐｒｅａｄａｎｄｓｅｒｉｏｕｓｌｙｄｅ-ｓｔｒｕｃｔｉｖｅｐｌａｎｔｅｎｄｏｐａｒａｓｉｔｅｓａｒｏｕｎｄｔｈｅｗｏｒｌｄ．Ｄｕｅｔｏｔｈｅｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙｏｆｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ，ｉｔｗａｓｖｅｒｙｄｉｆ-ｆｉｃｕｌｔｔｏｉｄｅｎｔｉｆｙｔｈｉｓｋｉｎｄｏｆｎｅｍａｔｏｄｅｓｊｕｓｔｂｙｔｈｅｉｒｍｏｒｐｈｏｌｏｇｙ．Ｉｎｔｈｉｓｓｔｕｄｙ，１８ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆｔｈｅｆｏｌｌｏｗｉｎｇ５Pra-tylenchusｓｐｅｃｉｅｓ，ｉ．ｅ．P

5、ratylenchuspenetrans，P．coffeae，P．vulnus，P．scribneriａｎｄP．neglectus，ｗｅｒｅｕｓｅｄａｓｅｘ-ｐｅｒｉｍｅｎｔｍａｔｅｒｉａｌｓ，ａｎｄｔｈｅｉｒｒｉｂｏｓｏｍａｌＩＴＳｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄｔｏｃｏｎｄｕｃｔｂｌａｓｔａｌｉｇｎｍｅｎｔａｎｄｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａ-ｎａｌｙｓｉｓｗｉｔｈｏｔｈｅｒｒｉｂｏｓｏｍａｌＩＴＳｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆPratylenchusｓｐｅｃｉｅｓｓｕｂｍｉｔｔｅｄｉｎＧｅｎＢａｎｋｉｎｏｒｄｅｒｔｏｖｅｒｉｆｙｔｈｅｆｅａ-

6、ｓｉｂｉｌｉｔｙｏｆＩＴＳｒｅｇｉｏｎｓａｓＤＮＡｂａｒｃｏｄｅ．ＴｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔＤＮＡｂａｒｃｏｄｉｎｇａｐｐｒｏａｃｈｕｓｉｎｇｒｉｂｏｓｏｍａｌＩＴＳｒｅ-ｇｉｏｎｓａｓｔａｒｇｅｔｆｒａｇｍｅｎｔｃｏｕｌｄｂｅｒｅａｄｉｌｙｕｓｅｄｆｏｒｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｔｈｅａｂｏｖｅ-ｍｅｎｔｉｏｎｅｄ５Pratylenchusｓｐｅｃｉｅｓ．Keywords：Pratylenchus；ＩＴＳ；Ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ；ＤＮＡｂａｒｃｏｄｉｎｇ短体属线虫（PratylenchusＦｌｉｐｊｅｖ，１９３６）又称根序列作为

7、标签对生物进行分类鉴定，与传统的分子腐线虫，是世界广泛分布且破坏性极大的迁移性植技术相比提供的比对位点更多，结果更加可靠。［１］物内寄生线虫类群之一。截至２０１２年，短体属线本研究旨在以核糖体ＤＮＡ（ｒＤＮＡ）的转录间隔［２－６］区（ＩＴＳ）序列为候选条码，初步建立５种常见短体虫共有７４个有效种。短体线虫的种类鉴定主要依据其形态特征，由于形态特征可能存在种内变线虫的ＤＮＡ条码鉴定方法，以期为短体线虫口岸检疫和农业治理提供技术支持。异性，因此，建立分子生物学鉴定方法有重要价值。关于短体线虫分子鉴定的方法较多，主要有ＲＦＬＰ１材料和方法［７－８］［９

8、－１０］法、特异性引物法以及实时荧光ＰＣＲ［１１］1．1线虫种群法等。而ＤＮＡ条形码（ＤＮＡｂａｒｃｏｄｉｎｇ）是近年［１２－１３］供试