鸟巢蕨转录组高通量测序及分析

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1、园艺学报2014，（4111）：2329–2341http://www.ahs.ac.cnActaHorticulturaeSinicaE-mail:yuanyixuebao@126.com鸟巢蕨转录组高通量测序及分析*贾新平，孙晓波，邓衍明，梁丽建，叶晓青（江苏省农业科学院农业生物技术研究所，江苏省农业生物学重点实验室，南京210014）摘要：采用新一代高通量测序技术IlluminaHiSeq2000对鸟巢蕨转录组（Aspleniumnidus）进行测序，共获得29254595个序列读取片段（reads），包含了5908586517个碱基序列（bp）信息

2、。对reads进行序列组装，共获得42907个单基因簇（Unigene），平均长度936bp，序列信息达到了40.16Mb。数据库中的序列同源性比较表明，24993个Unigene与其他物种的已知基因具有不同程度的同源性。鸟巢蕨转录组中的Unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程3大类51个分支，其中有大量的Unigene与代谢进程、结合活性、催化活性和细胞进程相关。将Unigene与COG数据库进行比对，根据其功能大致可分为24类。KEGG数据库作为参考，依据代谢途径可将Unigene定位到116个代谢途径分支。SSR位点查找发现

3、，从42907个Unigene中共找到6067个SSR位点。SSR不同重复基序类型中，出现频率最高的为AG/CT，其次是AC/GT、A/T和AGG/CCT。针对这些序列，设计了20对引物进行了扩增效率和多态性检测，其中7对引物在不同蕨类材料中表现出多态性。关键词：鸟巢蕨；转录组；生物信息学；功能注释；SSR中图分类号：S68文献标志码：A文章编号：0513-353X（2014）11-2329-13SequencingandAnalysisoftheTranscriptomeofAspleniumnidus*JIAXin-ping，SUNXiao-bo，DE

4、NGYan-ming，LIANGLi-jian，andYEXiao-qing（ProvincialKeyLaboratoryofAgroBiology，InstituteofAgro-biotechnology，JiangsuAcademyofAgriculturalSciences，Nanjing210014，China）Abstract：ThetranscriptomeofAspleniumniduswassequencedbyIlluminaHiSeq2000platformthatisanewgenerationofhigh-throughputs

5、equencingtechnologytostudytheexpressionprofilingandpredictthefunctionalgenes.Thetargetsamplesequencing，atotalof29254595readsfragmentcontains5908586517bpinsequenceinformationweregenerated.Atotalof42907unigenescontains40.16Mbinsequenceinformationwereformedbyinitialsequencesplicing，w

6、ithanaveragereadlengthof936bp.24993unigeneswereannotatedusingBLASTXsearchesagainsttheNrandSwissProtdatabases.Inthisstudy，allassembledunigenescanbebroadlydividedintobiologicalprocesses，cellularcomponentsandmolecularfunctioncategoriesof51branchesbygeneontology，includingmetabolicproc

7、ess，binding，catalyticactivityandcellularprocess.UnigeneswerefurtherannotatedbasedonCOGcategory，whichcouldbegroupedinto24functionalcategories.KEGGpathwayanalysisshowedthatunigenescanbebroadlydividedinto116classesaccordingtothefunction.Therewere6067SSRin42907unigeneswere收稿日期：2014–07

8、–21；修回日期：2014–09–15基金项目：江苏省农业科技自主